Added filaments inside the vesicle. TODO: tape etc.

mihaf

2014-03-14 624f819d40ca2204b0a128970dcd3d9ca7e17699

Added filaments inside the vesicle. TODO: tape etc.

 src/general.h

@@ -256,11 +256,17 @@
       ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;

// Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
    ts_poly_list *poly_list;
// Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
    ts_poly_list *filament_list;

    ts_double spring_constant;
    ts_double pressure;
    ts_int pswitch;

    ts_double R_nucleus;

} ts_vesicle;



 src/initial_distribution.c

@@ -38,7 +38,7 @@
ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
    ts_vesicle *vesicle;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
    poly_assign_spring_const(vesicle);
    

 src/poly.c

@@ -20,8 +20,10 @@
    ts_poly    *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
    poly->vlist = init_vertex_list(n);
    poly->blist = init_bond_list();
    if (grafted_vtx!=NULL){
    poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
    grafted_vtx->grafted_poly = poly;
    }

    ts_uint i;
    for(i=0;i<n-1;i++){
@@ -38,13 +40,17 @@
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
    poly_list->poly    = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
    ts_uint i=0,j=0; //idx;
    ts_uint gvtxi;
    ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;
    ts_double dphi,dh;
    ts_uint ji;

    // Grafting polymers:
    if (vlist!=NULL){
    if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
    
    while(i<n_poly){
@@ -54,10 +60,18 @@
        i++;
        }
    }
    }
    else
    {
        for(i=0;i<n_poly;i++){
            poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, NULL);
        }
    }
    
    poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
    if (vlist!=NULL){
    /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
    for (i=0;i<poly_list->n;i++){

        xnorm=0.0;
@@ -79,6 +93,21 @@
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
        }
    }
    }
    else
    {
    /* Make filaments inside the vesicle. Helix with radius... Dist. between poly vertices put to 1*/
        dphi = 2*asin(1/2/vesicle->R_nucleus)*1.001;
        dh = dphi/2/M_PI*1.001;
        for(i=0;i<poly_list->n;i++){
            for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
                ji = j + i*poly_list->poly[i]->vlist->n;
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = vesicle->R_nucleus*cos(ji*dphi);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = vesicle->R_nucleus*sin(ji*dphi);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = ji*dh;
            }
        }
    }

        //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
/*    idx=vlist->n;

 src/poly.h

@@ -5,7 +5,7 @@

ts_poly    *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx);

ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist);
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle);

ts_bool poly_free(ts_poly *poly);


 src/tape

@@ -14,7 +14,7 @@
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.0

####### Polymer definitions ###########
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
@@ -22,6 +22,14 @@
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
nfil=0
# nmono is a number of monomers in each filament
nfono=10
# Spring constant between monomers of the filament
k_sfring=800

#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60