Load settings from tape

Samo Penic

2018-12-09 514ebcb0e1b01fa41d022e3a92fe08a390a421dd

Load settings from tape

 src/general.h

@@ -250,6 +250,11 @@
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;


typedef struct{
    ts_float z_max;
    ts_float z_min;
    ts_int force_switch;
} ts_confinement_plane;

typedef struct {
    long int nshell;
@@ -289,6 +294,9 @@
    ts_double c0;
    ts_double w;
    ts_double F;
    long int plane_confinement_switch;
    ts_double plane_d;
    ts_double plane_F;
} ts_tape;


@@ -314,13 +322,14 @@
    ts_double spring_constant;
    ts_double pressure;
    ts_int pswitch;
    ts_tape *tape;
     ts_tape *tape;
    ts_double R_nucleus;
    ts_double R_nucleusX;
    ts_double R_nucleusY;
    ts_double R_nucleusZ;
    ts_double nucleus_center[3];
    ts_double area;
    ts_double area;
    ts_confinement_plane confinement_plane;
} ts_vesicle;



 src/io.c

@@ -1185,12 +1185,19 @@
    CFG_SIMPLE_FLOAT("c0",&tape->c0),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("w",&tape->w),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("F",&tape->F),
    CFG_INT("plane_confinement_switch", 0, CFGF_NONE),
    CFG_FLOAT("plane_d", 15, CFGF_NONE),
    CFG_FLOAT("plane_F", 1000, CFGF_NONE),
        CFG_END()
    };
    cfg_t *cfg;    
    ts_uint retval;
    cfg = cfg_init(opts, 0);
    retval=cfg_parse_buf(cfg, buffer);
    tape->plane_confinement_switch=cfg_getint(cfg,"plane_confinement_switch");
    tape->plane_d=cfg_getint(cfg,"plane_d");
    tape->plane_F=cfg_getint(cfg,"plane_F");

    if(retval==CFG_FILE_ERROR){
    fatal("No tape file.",100);
    }

 src/tape

@@ -59,7 +59,7 @@
mcsweeps=2000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=1
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
@@ -94,3 +94,12 @@
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0



#plane confinement
plane_confinement_switch=1
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=15
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=1000