ConstVol and ConstArea area+volume are now also in the snapshost. Fix in ti...

Samo Penic

2016-06-02 49981c5ddda35e6defd63d860bccfbc66e7158ca

ConstVol and ConstArea area+volume are now also in the snapshost. Fix in timing of writting the .status file to the disk.

 src/restore.c

@@ -168,6 +168,13 @@
         if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"nucleus"))){
            parseTrisurfNucleus(vesicle, doc, child);
        }
          if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"constant_volume"))){
            parseTrisurfConstantVolume(doc, child);
        }
          if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"constant_area"))){
            parseTrisurfConstantArea(doc, child);
        }


    child = child->next;
    }
@@ -182,6 +189,21 @@


/* Low level tags parsers */
ts_bool parseTrisurfConstantVolume(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    xmlChar *cvol = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
    char *n=(char *)cvol;
    V0=atof(n);
    xmlFree(cvol);
    return TS_SUCCESS;
}
ts_bool parseTrisurfConstantArea(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    xmlChar *carea = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
    char *n=(char *)carea;
    A0=atof(n);
    xmlFree(carea);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool parseTrisurfNucleus(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    xmlChar *coords = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
    char *n=(char *)coords;

 src/restore.h

@@ -12,4 +12,6 @@
ts_bool parseXMLVertexPosition(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseXMLBonds(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseTrisurfNucleus(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseTrisurfConstantVolume(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseTrisurfConstantArea(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
#endif

 src/snapshot.c

@@ -33,6 +33,7 @@
    xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);    
    xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
    xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);
#ifdef COMPRESSION
    char *compressed;
    ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
@@ -127,10 +128,16 @@

ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
    if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
        ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.7e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
        ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
    }
    return TS_SUCCESS;
}
ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){
    ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);
    ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);

    return TS_SUCCESS;
}


/* UTILITIES */

 src/snapshot.h

@@ -19,6 +19,7 @@
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle);
ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area);
/* UTILITIES */
char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length);
unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length);

 src/timestep.c

@@ -65,8 +65,12 @@
    cell_occupation(vesicle);
    vesicle_volume(vesicle); //needed for constant volume at this moment
    vesicle_area(vesicle); //needed for constant area at this moment
    if(V0<0.000001) 
    V0=vesicle->volume; 
    ts_fprintf(stdout,"Setting volume V0=%.17f\n",V0);
    if(A0<0.000001)
    A0=vesicle->area;
        ts_fprintf(stdout,"Setting area A0=%.17f\n",A0);
    epsvol=4.0*sqrt(2.0*M_PI)/pow(3.0,3.0/4.0)*V0/pow(vesicle->tlist->n,3.0/2.0);
    epsarea=A0/(ts_double)vesicle->tlist->n;
  //  fprintf(stderr, "DVol=%1.16f (%1.16f), V0=%1.16f\n", epsvol,0.003e-2*V0,V0);
@@ -88,14 +92,7 @@
        bfsr/=(ts_double)mcsweeps;
        centermass(vesicle);
        cell_occupation(vesicle);
        ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
            dump_state(vesicle,i);
        fd3=fopen(".status","w");
        if(fd3==NULL){
            fatal("Cannot open .status file for writing",1);
        }
        fprintf(fd3,"%d",i);
        fclose(fd3);
        if(i>=inititer){
            write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
            write_master_xml_file(command_line_args.output_fullfilename);
@@ -146,7 +143,14 @@
            fflush(fd);    
        //    sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
        //    write_pov_file(vesicle,filename);
        } //end if(inititer....)
        fd3=fopen(".status","w"); //write status file when everything is written to disk.
        if(fd3==NULL){
            fatal("Cannot open .status file for writing",1);
        }
        fprintf(fd3,"%d",i);
        fclose(fd3);
        ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
    }
    fclose(fd);
    if(fd2!=NULL) fclose(fd2);