Adding polymers MC steps (not done yet)...

mihaf

2014-02-06 48bb92b75443c452e2a873d01be92bfe419e26bc

Adding polymers MC steps (not done yet)...

 aclocal.m4

@@ -1,4 +1,4 @@
# generated automatically by aclocal 1.11.6 -*- Autoconf -*-
# generated automatically by aclocal 1.11.3 -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software Foundation,
@@ -14,8 +14,8 @@

m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.68],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.68.
You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
@@ -38,7 +38,7 @@
[am__api_version='1.11'
dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
m4_if([$1], [1.11.6], [],
m4_if([$1], [1.11.3], [],
      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
])

@@ -54,7 +54,7 @@
# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.6])dnl
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.3])dnl
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])

 src/energy.c

@@ -19,6 +19,9 @@
    return TS_SUCCESS;
}

inline ts_bool energy_poly_vertex(ts_vertex *vtx,ts_poly *poly){
	
}

inline ts_bool energy_vertex(ts_vertex *vtx){
//    ts_vertex *vtx=&vlist->vertex[n]-1; // Caution! 0 Indexed value!

 src/frame.c

@@ -31,11 +31,11 @@
}

ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
    ts_double shift;
    ts_double dcell;
    shift=(ts_double) vesicle->clist->ncmax[0]/2;
    dcell=1.0/(1.0 + vesicle->stepsize);
    ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
    //ts_double shift;
    //ts_double dcell;
    //shift=(ts_double) vesicle->clist->ncmax[0]/2;
    //dcell=1.0/(1.0 + vesicle->stepsize);
    //`fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 

    cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
@@ -45,10 +45,19 @@
//    vesicle->vlist->vtx[i]->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];

    cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);

    }

    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
        cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
        cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
    }
    }

    

    //fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 
    if(dcell);
    if(shift);
    //if(dcell);
    //if(shift);
    return TS_SUCCESS;
}

 src/general.h

@@ -230,6 +230,7 @@
    ts_vertex_list *vlist;
    ts_bond_list *blist;
    ts_vertex *grafted_vtx;
    ts_double k;
};
typedef struct ts_poly ts_poly;

@@ -247,15 +248,17 @@
    ts_vertex_list *vlist;
    ts_bond_list *blist;
    ts_triangle_list *tlist;
    ts_cell_list *clist;
    ts_cell_list *clist;
    ts_uint nshell;
    ts_double bending_rigidity;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
    ts_double bending_rigidity;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
       ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;

    ts_poly_list *poly_list;
    ts_double spring_constant;
} ts_vesicle;



 src/io.c

@@ -341,7 +341,7 @@
    long int brezveze0=1;
    long int brezveze1=1;
    long int brezveze2=1;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15,kspring=800.0;
    long int iter=1000, init=1000, mcsw=1000;


@@ -351,6 +351,7 @@
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &nmono),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &dmax),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&xk0),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&kspring),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&stepsize),
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &ncymax),
@@ -381,6 +382,9 @@
    *mcsweeps=mcsw;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(nshell,ncxmax,ncymax,nczmax,stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(npoly,nmono, vesicle->vlist);
    vesicle->spring_constant=kspring;
    poly_assign_spring_const(vesicle);
	

    vesicle->nshell=nshell;
    vesicle->dmax=dmax*dmax;

 src/poly.c

@@ -5,6 +5,15 @@
#include"bond.h"
#include<math.h>

ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i;

    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
     vesicle->poly_list->poly[i]->k = vesicle->spring_constant;
        }
	
    return TS_SUCCESS;
}

ts_poly    *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
    ts_poly    *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
@@ -19,6 +28,10 @@
        vtx_add_neighbour(poly->vlist->vtx[i+1], poly->vlist->vtx[i]);
    }

    for(i=0;i<poly->blist->n;i++){
    poly->blist->bond[i]->bond_length=sqrt(vtx_distance_sq(poly->blist->bond[i]->vtx1,poly->blist->bond[i]->vtx2));
    }

    return poly;
}


 src/poly.h

@@ -11,4 +11,6 @@

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list);

ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle);

#endif

 src/tape

@@ -11,8 +11,10 @@
####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=10
# nmono is a number of monomers in each polymere
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=15
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800

#######  Cell definitions ############
nxmax=60