Nucleus translates with the vesicle. Dump and restore includes optional <nu...

Samo Penic

2016-05-31 4891eb093f61d37056c50c572e669349dd49a65a

Nucleus translates with the vesicle. Dump and restore includes optional <nucleus> tag within <trisurf> tag if the nucleus is present at all.

 src/frame.c

@@ -42,6 +42,10 @@
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
        }
    }
//move nucleus for the same vector as we moved vesicle
    vesicle->nucleus_center[0]-=vesicle->cm[0];
    vesicle->nucleus_center[1]-=vesicle->cm[1];
    vesicle->nucleus_center[2]-=vesicle->cm[2];

    vesicle->cm[0]=0.0;
    vesicle->cm[1]=0.0;

 src/general.h

@@ -313,6 +313,7 @@
    ts_double R_nucleusX;
    ts_double R_nucleusY;
    ts_double R_nucleusZ;
    ts_double nucleus_center[3];
    ts_double area;
} ts_vesicle;


 src/main.c

@@ -55,6 +55,7 @@
                }
            fclose(fd);
            start_iteration++;
            printf("nucleus coords: %.17e %.17e %.17e\n",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
        }
        else
            ts_fprintf(stdout,"No .status file. The iteration count will start from 0");

 src/restore.c

@@ -165,6 +165,9 @@
         if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"tristar"))){
            parseTrisurfTristar(vesicle, doc, child);
        }
         if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"nucleus"))){
            parseTrisurfNucleus(vesicle, doc, child);
        }

    child = child->next;
    }
@@ -179,6 +182,18 @@


/* Low level tags parsers */
ts_bool parseTrisurfNucleus(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    xmlChar *coords = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
    char *n=(char *)coords;
    char *token=strtok(n," ");
    ts_uint i;
    for(i=0;i<3;i++){
        vesicle->nucleus_center[i]=atof(token);
        token=strtok(NULL," ");
    }
    xmlFree(coords);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool parseTrisurfVtxn(ts_vertex_list *vlist, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){


 src/restore.h

@@ -11,5 +11,5 @@
ts_bool parseTrisurfTristar(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseXMLVertexPosition(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseXMLBonds(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);

ts_bool parseTrisurfNucleus(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
#endif

 src/snapshot.c

@@ -32,6 +32,7 @@
    xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);    
    xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
#ifdef COMPRESSION
    char *compressed;
    ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
@@ -124,7 +125,12 @@
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
    if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
        ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.7e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
    }
    return TS_SUCCESS;
}


/* UTILITIES */

 src/snapshot.h

@@ -18,7 +18,7 @@
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);

ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle);
/* UTILITIES */
char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length);
unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length);