Almost over.

Samo Penic

2014-04-28 43c0420ae7c32fbcd3d784803bdbcf56b25b69e4

Almost over.

 src/Makefile.am

@@ -1,6 +1,6 @@
trisurfdir=../
trisurf_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c
AM_CFLAGS = -Wall -Werror
#trisurf_LDFLAGS = -lm -lconfuse
#shdiscoverdir=../

 src/general.h

@@ -261,6 +261,7 @@
    long int R_nucleus;
    long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    ts_double constvolprecision;
        char *multiprocessing;
       long int brezveze0;
        long int brezveze1;

 src/io.c

@@ -978,6 +978,7 @@
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
    CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
    CFG_SIMPLE_INT("constvolswitch",&tape->constvolswitch),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("constvolprecision",&tape->constvolprecision),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("xi",&tape->xi),

 src/tape

@@ -18,7 +18,7 @@

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable)
constvolswitch=1

constvolprecision=1e-3


####### Polymer (brush) definitions ###########

 src/vertexmove.c

@@ -13,6 +13,7 @@
#include<stdio.h>
#include "vertexmove.h"
#include <string.h>
#include "constvol.h"

ts_bool single_verticle_timestep(ts_vesicle *vesicle,ts_vertex *vtx,ts_double *rn){
    ts_uint i;
@@ -22,7 +23,7 @@
    ts_double delta_energy,oenergy,dvol=0.0;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
    //This will hold all the information of vtx and its neighbours
    ts_vertex backupvtx[20];
    ts_vertex backupvtx[20], *constvol_vtx_moved, *constvol_vtx_backup;
    memcpy((void *)&backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

    //Some stupid tests for debugging cell occupation!
@@ -91,11 +92,23 @@
    memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }

    if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch == 1){
    if(vesicle->pswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol-=vtx->tristar[i]->volume;
    };

    delta_energy=0;

    if(vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        retval=constvolume(vesicle, vtx, dvol, &delta_energy, constvol_vtx_moved,constvol_vtx_backup);
        if(retval==TS_FAIL){ // if we couldn't move the vertex to assure constant volume
            vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
            for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
                vtx->neigh[i]=memcpy((void *)vtx->neigh[i],(void *)&backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
            }
            return TS_FAIL;
        }
    }

    //update the normals of triangles that share bead i.
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]);
    oenergy=vtx->energy;
@@ -108,10 +121,11 @@
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    }

    if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch == 1){
    if(vesicle->pswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol+=vtx->tristar[i]->volume;
        if(vesicle->pswitch == 1) delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
        delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
    };


/* No poly-bond energy for now!
    if(vtx->grafted_poly!=NULL){
@@ -142,6 +156,10 @@
    //update the normals of triangles that share bead i.
   for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]);

    if(vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        ts_bool constvolumerestore(constvol_vtx_backup);
    }

    return TS_FAIL; 
    }
}
@@ -154,7 +172,9 @@
        
    }

    if(vesicle->tape->constvolswitch == 1);
    if(vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        ts_bool constvolumeaccept(constvol_vtx_backup);
    }
//    if(oldcellidx);
    //END MONTE CARLOOOOOOO
    return TS_SUCCESS;