Gained another 25-30%.

Samo Penic

2012-07-12 352fad2165896fe4bedda7fdc355950c4cbcb37c

Gained another 25-30%.

 src/vertexmove.c

@@ -19,64 +19,51 @@
    ts_double dist;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    //ts_double xold,yold,zold;
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_vertex *ovtx;
    ts_vertex *tvtx=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));

    //This will hold all the information of vtx and its neighbours
    ts_vertex **backupvtx=(ts_vertex **)calloc(vtx->neigh_no+1,sizeof(ts_vertex *));

    //randomly we move the temporary vertex
    tvtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
    tvtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
    tvtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);
    backupvtx[0]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));	
    backupvtx[0]=(ts_vertex *)memcpy((void *)backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));
        //temporarly moving the vertex
    vtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
        vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
        vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);
    //check we if some length to neighbours are too much
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        dist=vtx_distance_sq(tvtx,vtx->neigh[i]);
        dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);
        if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
        vtx_free(tvtx);
        vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
        free(backupvtx[0]);
        free(backupvtx);
//    fprintf(stderr,"Fail 1, dist=%f, vesicle->dmax=%f\n", dist, vesicle->dmax);
        return TS_FAIL;
        }
    }
    //self avoidance check with distant vertices
     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, tvtx);
     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);
    //check occupation number
     retval=cell_occupation_number_and_internal_proximity(vesicle->clist,cellidx,vtx,tvtx);
     retval=cell_occupation_number_and_internal_proximity(vesicle->clist,cellidx,backupvtx[0],vtx);
    if(retval==TS_FAIL){
    vtx_free(tvtx);
        vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
        free(backupvtx[0]);
        free(backupvtx);
//    fprintf(stderr,"Fail 2\n");
        return TS_FAIL;
    } 
   
 
    //if all the tests are successful, then we update the vertex position
    backupvtx[0]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));	
    backupvtx[0]=(ts_vertex *)memcpy((void *)backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

    //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
    backupvtx[i+1]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));    
    backupvtx[i+1]=memcpy((void *)backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }
//    fprintf(stderr,"CREATED\n");
	

  //  xold=vtx->x;
  //  yold=vtx->y;
  //  zold=vtx->z;
    ovtx=malloc(sizeof(ts_vertex));
    vtx_copy(ovtx,vtx);
    vtx->x=tvtx->x;
    vtx->y=tvtx->y;
    vtx->z=tvtx->z;

    delta_energy=0;
    //update the normals of triangles that share bead i.
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]);
    //energy and curvature
    energy_vertex(vtx);
    delta_energy=vtx->xk*(vtx->energy - ovtx->energy);
    delta_energy=vtx->xk*(vtx->energy - backupvtx[0]->energy);
    //the same is done for neighbouring vertices
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        oenergy=vtx->neigh[i]->energy;
@@ -97,10 +84,6 @@
#endif
    {
    //not accepted, reverting changes
  //  vtx->x=xold;
  //  vtx->y=yold;
  //  vtx->z=zold;

    vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
    free(backupvtx[0]);
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
@@ -112,14 +95,6 @@
    
    //update the normals of triangles that share bead i.
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]);
    //energy and curvature
   // energy_vertex(vtx);
    //the same is done for neighbouring vertices
//    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++) energy_vertex(vtx->neigh[i]);
//    free(ovtx->bond_length);
    free(ovtx->bond_length_dual);
    free(ovtx);
    vtx_free(tvtx);

    return TS_FAIL; 
    }
@@ -128,10 +103,6 @@

    //TODO: change cell occupation if necessary!
//    fprintf(stderr,"Success!!\n");
    free(ovtx->bond_length);
    free(ovtx->bond_length_dual);
    free(ovtx);
    vtx_free(tvtx);
    free(backupvtx[0]);
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
    free(backupvtx[i+1]);