Started with bondflip. There is still an error in calling vtx_remove_neighb...

Samo Penic

2012-06-14 30ee9c409ed7c743c693f1e068c1d7393949207a

Started with bondflip. There is still an error in calling vtx_remove_neighbour with vertices that are actually not neighbours.

 src/Makefile.am

@@ -1,6 +1,6 @@
trisurfdir=../
trisurf_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c main.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c
#trisurf_LDFLAGS = -lm -lconfuse
shdiscoverdir=../
shdiscover_PROGRAMS= shdiscover

 src/bondflip.c

@@ -8,6 +8,7 @@
#include "energy.h"
#include "timestep.h"
#include "cell.h"
#include "bondflip.h"
//#include "io.h"
#include<stdio.h>

@@ -27,7 +28,7 @@
    ts_vertex *it=bond->vtx1;
    ts_vertex *k=bond->vtx2;
    ts_uint nei,neip,neim;
    ts_uint i,j;
    ts_uint i; //j;
    ts_double oldenergy, delta_energy;
 //   ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lp2=NULL, *lm1=NULL, *lm2=NULL;

@@ -39,7 +40,7 @@
        fatal("In bondflip, number of neighbours of k or it is less than 3!",999);
    }


    nei=0;
    for(i=0;i<it->neigh_no;i++){ // Finds the nn of it, that is k 
        if(it->neigh[i]==k){
            nei=i;
@@ -68,7 +69,7 @@
    }
 //   fprintf(stderr,"Membrane didn't wrap too much.. Continue.\n");
/* if bond would be too long, return... */
    if(vertex_distance_sq(km,kp) > vesicle->dmax ) return TS_FAIL;
    if(vtx_distance_sq(km,kp) > vesicle->dmax ) return TS_FAIL;
 //   fprintf(stderr,"Bond will not be too long.. Continue.\n");

/* we make a bond flip. this is different than in original fortran */
@@ -174,7 +175,7 @@
ts_bond *bond){

    ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lm2=NULL;
    ts_uint i,j, lmidx, lpidx;
    ts_uint i,j; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
    fatal("ts_flip_bond: You called me with invalid pointers to vertices",999);
}
@@ -279,11 +280,11 @@
// 3. step. Correct neighbours in vertex_list


            vertex_remove_neighbour(k,it);
            vertex_remove_neighbour(it,k);
            vtx_remove_neighbour(k,it);
            vtx_remove_neighbour(it,k);
            //Tukaj pa nastopi tezava... Kam dodati soseda?
            vertex_insert_neighbour(km,kp,k);
            vertex_insert_neighbour(kp,km,it);
            vtx_insert_neighbour(km,kp,k);
            vtx_insert_neighbour(kp,km,it);
//            vertex_add_neighbour(km,kp); //pazi na vrstni red.
//            vertex_add_neighbour(kp,km);
//fprintf(stderr,"3. step: vertex neighbours corrected\n");
@@ -318,8 +319,8 @@
// 6. step. Correct tristar for vertices km, kp, k and it
            vertex_add_tristar(km,lp);  // Preveri vrstni red!
            vertex_add_tristar(kp,lm);
            vertex_remove_tristar(it,lm);
            vertex_remove_tristar(k,lp);
            vtx_remove_tristar(it,lm);
            vtx_remove_tristar(k,lp);
//fprintf(stderr,"6. step: tristar corrected\n");

/*

 src/bondflip.h

@@ -1,4 +1,4 @@
#ifdef _H_BONDFLIP
#ifndef _H_BONDFLIP
#define _H_BONDFLIP

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn);

 src/timestep.c

@@ -5,6 +5,7 @@
#include "general.h"
#include "timestep.h"
#include "vertexmove.h"
#include "bondflip.h"

ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;
@@ -23,7 +24,7 @@
        rnvec[2]=drand48();
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
//        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,&vesicle->blist.bond[i],rnvec);
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[i],rnvec);
        
    } 
    if(retval);

 src/triangle.h

@@ -6,5 +6,5 @@
ts_bool triangle_add_neighbour(ts_triangle *tria, ts_triangle *ntria);
ts_bool triangle_normal_vector(ts_triangle *tria);
ts_bool triangle_list_free(ts_triangle_list *tlist);

ts_bool triangle_remove_neighbour(ts_triangle *tria, ts_triangle *ntria);
#endif

 src/vertex.c

@@ -79,6 +79,9 @@
            j++;
        }
    }
    if(j==0) { 
        fatal("vtx_remove_neighbour: Error, vertices are not neighbours", 100);
    }
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->neigh_no--;
    vtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
@@ -110,11 +113,14 @@
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->bond_no++;
    vtx2->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->bond, vtx1->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->bond, vtx2->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->bond[vtx1->bond_no-1]=bond;
    vtx2->bond[vtx2->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->ata->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -207,6 +213,57 @@
}


/* Insert neighbour is a function that is required in bondflip. It inserts a
 * neighbour exactly in the right place. */
inline ts_bool vtx_insert_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx, ts_vertex *vtxm){
//nvtx is a vertex that is to be inserted after vtxm!
        ts_uint i,j,midx;
        vtx->neigh_no++;
        if(vtxm==NULL ||  nvtx==NULL || vtx==NULL)
                fatal("vertex_insert_neighbour: one of pointers has been zero.. Cannot proceed.",3);
        //We need to reallocate space! The pointer *neight must be zero if not having neighbours jey (if neigh_no was 0 at thime of calling
        vtx->neigh=realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
        if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_insert_neighbour",3);
        }
        midx=0;
        for(i=0;i<vtx->neigh_no-1;i++) if(vtx->neigh[i]==vtxm) {midx=i; break;}
     //   fprintf(stderr,"midx=%d, vseh=%d\n",midx,vtx->neigh_no-2);
        if(midx==vtx->neigh_no-2) {
            vtx->neigh[vtx->neigh_no-1]=nvtx;
        } else {
            for(j=vtx->neigh_no-2;j>midx;j--) {
                vtx->neigh[j+1]=vtx->neigh[j];
//                vtx->bond_length[j+1]=vtx->bond_length[j];
//                vtx->bond_length_dual[j+1]=vtx->bond_length_dual[j];
            }
            vtx->neigh[midx+1]=nvtx;
        }
    return TS_SUCCESS;
}


/* vtx remove tristar is required in  bondflip. */
/* TODO: Check whether it is important to keep the numbering of tristar
 * elements in some order or not! */
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar){
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
        if(vtx->tristar[i]!=tristar){
            vtx->tristar[j]=vtx->tristar[i];
            j++;
        }
    }
    vtx->tristar_no--;
    vtx->tristar=realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_add_neighbour",3);
        }
    return TS_SUCCESS;
}



/* ****************************************************************** */
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */

 src/vertex.h

@@ -24,7 +24,8 @@
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle);
inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3);
inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem);

inline ts_bool vtx_insert_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx, ts_vertex *vtxm);
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar);
ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx,ts_vertex *ovtx);
ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx);
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx);