added 3 different calculations for Kc

Samo Penic

2014-04-24 22cdfdcca0212df64e3352a834bbacda5686d732

added 3 different calculations for Kc

 src/shcomplex.c

@@ -130,9 +130,9 @@
}


ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle){
    ts_int min=4;
    ts_int max=vesicle->sphHarmonics->l-6;
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle, ts_int lmin, ts_int lmax){
    ts_int min=lmin;
    ts_int max=lmax; //vesicle->sphHarmonics->l-3;
    ts_long i,j;
    ts_double retval, bval;
    gsl_matrix *A=gsl_matrix_alloc(max-min,2);
@@ -146,7 +146,7 @@
    for(i=min;i<max;i++){
            gsl_matrix_set(A, i-min,0,(ts_double)((i-1)*(i+2)));
            gsl_matrix_set(A, i-min,1,(ts_double)((i-1)*(i+2)*(i+1)*i));
            fprintf(stderr,"%e %e\n", gsl_matrix_get(A,i-min,0), gsl_matrix_get(A,i-min,1));
//            fprintf(stderr,"%e %e\n", gsl_matrix_get(A,i-min,0), gsl_matrix_get(A,i-min,1));
            bval=0.0;
            //average for m from 0..l (only positive m's)
            for(j=0;j<=i;j++){
@@ -155,7 +155,7 @@
                bval=bval/(ts_double)vesicle->sphHarmonics->N/(ts_double)(i+1);

            gsl_vector_set(b,i-min,1.0/bval);
            fprintf(stderr,"%e\n", 1.0/gsl_vector_get(b,i-min));
//            fprintf(stderr,"%e\n", 1.0/gsl_vector_get(b,i-min));
    }
//    fprintf(stderr,"b[2]=%e\n",gsl_vector_get(b,1));
    gsl_linalg_QR_decomp(A,tau);

 src/shcomplex.h

@@ -5,5 +5,5 @@
ts_spharm *complex_sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l);
ts_bool complex_sph_free(ts_spharm *sph);
ts_bool calculateUlmComplex(ts_vesicle *vesicle);
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle);
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle, ts_int lmin, ts_int lmax);
#endif

 src/tape

@@ -44,7 +44,7 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=250
mcsweeps=2500
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
@@ -52,7 +52,7 @@


###### Spherical harmonics ###########
spherical_harmonics_coefficients=15
spherical_harmonics_coefficients=21

#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false

 src/timestep.c

@@ -15,7 +15,7 @@

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
    ts_uint i, j,k;
    ts_double r0,kc;
    ts_double r0,kc1,kc2,kc3;
    ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
    ts_ulong epochtime;
    FILE *fd1;
@@ -24,7 +24,7 @@
    if(fd==NULL){
        fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
    }
    fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc\n");
    fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end)\n");
    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -56,7 +56,10 @@
                calculateUlmComplex(vesicle);
                storeUlmComplex2(vesicle);
                saveAvgUlm2(vesicle);
                kc=calculateKc(vesicle);
                kc1=calculateKc(vesicle, 2,9);
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
            
                fd1=fopen("state.dat","w");
                fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
                for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
@@ -71,7 +74,7 @@
                fclose(fd1);
            }

            fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc);
            fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3);
            fflush(fd);    
        //    sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
        //    write_pov_file(vesicle,filename);