Added zlib and compression as an option to snapshots

Samo Penic

2016-02-15 22721d3dc98cae61db96021c01ee8dc1cbdf462d

Added zlib and compression as an option to snapshots

 aclocal.m4

@@ -180,6 +180,61 @@
fi[]dnl
])# PKG_CHECK_MODULES


# PKG_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable pkgconfigdir as the location where a module
# should install pkg-config .pc files. By default the directory is
# $libdir/pkgconfig, but the default can be changed by passing
# DIRECTORY. The user can override through the --with-pkgconfigdir
# parameter.
AC_DEFUN([PKG_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${libdir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([pkgconfigdir], [$with_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_INSTALLDIR


# PKG_NOARCH_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable noarch_pkgconfigdir as the location where a
# module should install arch-independent pkg-config .pc files. By
# default the directory is $datadir/pkgconfig, but the default can be
# changed by passing DIRECTORY. The user can override through the
# --with-noarch-pkgconfigdir parameter.
AC_DEFUN([PKG_NOARCH_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${datadir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config arch-independent installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([noarch-pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-noarch-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_noarch_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([noarch_pkgconfigdir], [$with_noarch_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_NOARCH_INSTALLDIR


# PKG_CHECK_VAR(VARIABLE, MODULE, CONFIG-VARIABLE,
# [ACTION-IF-FOUND], [ACTION-IF-NOT-FOUND])
# -------------------------------------------
# Retrieves the value of the pkg-config variable for the given module.
AC_DEFUN([PKG_CHECK_VAR],
[AC_REQUIRE([PKG_PROG_PKG_CONFIG])dnl
AC_ARG_VAR([$1], [value of $3 for $2, overriding pkg-config])dnl

_PKG_CONFIG([$1], [variable="][$3]["], [$2])
AS_VAR_COPY([$1], [pkg_cv_][$1])

AS_VAR_IF([$1], [""], [$5], [$4])dnl
])# PKG_CHECK_VAR

# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
@@ -263,10 +318,9 @@
# configured tree to be moved without reconfiguration.

AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
AC_PREREQ([2.50])dnl
# expand $ac_aux_dir to an absolute path
am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
[AC_REQUIRE([AC_CONFIG_AUX_DIR_DEFAULT])dnl
# Expand $ac_aux_dir to an absolute path.
am_aux_dir=`cd "$ac_aux_dir" && pwd`
])

# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-
@@ -733,7 +787,8 @@
END
    AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
  fi
fi])
fi
])

dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further

 config.h

@@ -16,6 +16,9 @@
/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
#define HAVE_LIBM 1

/* Define to 1 if you have the `z' library (-lz). */
#define HAVE_LIBZ 1

/* Define to 1 if your system has a GNU libc compatible `malloc' function, and
   to 0 otherwise. */
#define HAVE_MALLOC 1

 config.h.in

@@ -15,6 +15,9 @@
/* Define to 1 if you have the `m' library (-lm). */
#undef HAVE_LIBM

/* Define to 1 if you have the `z' library (-lz). */
#undef HAVE_LIBZ

/* Define to 1 if your system has a GNU libc compatible `malloc' function, and
   to 0 otherwise. */
#undef HAVE_MALLOC

 configure.ac

@@ -19,6 +19,7 @@
AC_CHECK_LIB([gsl],[gsl_blas_dgemm])
#AC_CHECK_LIB([xml2],[xmlNodeListGetString])
PKG_CHECK_MODULES([libxml2], [libxml-2.0])
AC_CHECK_LIB([z],[deflate])

# Checks for header files.
AC_CHECK_HEADERS([stdlib.h string.h])

 src/snapshot.c

@@ -1,12 +1,52 @@
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
#include<stdlib.h>
#include<stdarg.h>
#include <zlib.h>
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
    va_list ap;
    va_start(ap,fmt);
    ts_uint n=vsprintf(&(str->string[str->beg]),fmt,ap);
    va_end(ap);
    str->beg+=n;
    return n;
}


ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

    ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
    data->string=(char *)malloc(512000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
    data->beg=0;
	
    xml_trisurf_header(fh, vesicle);
    xml_trisurf_tria(fh,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_tria_neigh(fh,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_vtx_neigh(fh,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_vtx_tristar(fh,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_tria(data,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);	
    xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
#ifdef COMPRESSION
    z_stream defstream;
    defstream.zalloc = Z_NULL;
    defstream.zfree = Z_NULL;
    defstream.opaque = Z_NULL;
    defstream.avail_in = data->beg+1;
    defstream.next_in = (unsigned char *)data->string;	
    char *compr=(char *)malloc((data->beg+1)*sizeof(char *));
    defstream.avail_out = data->beg+1;
    defstream.next_out = (unsigned char *)compr;
    deflateInit(&defstream, Z_BEST_COMPRESSION);
        deflate(&defstream, Z_FINISH);
        deflateEnd(&defstream);
    fwrite(compr, sizeof(unsigned char), defstream.total_out, fh);
//    fprintf(fh,"%s",compr);
//printf("Uncompressed size is: %lu\n", defstream.total_out);
    free(compr);
#else
    fprintf(fh,"%s", data->string);
#endif
    free(data->string);
    free(data);
    xml_trisurf_footer(fh);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -21,46 +61,46 @@
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
    ts_uint i;
    fprintf(fh,"<tria>\n");
    ts_sprintf(data,"<tria>\n");
    for(i=0; i<tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
        ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
    }
    fprintf(fh,"</tria>\n");
    ts_sprintf(data,"</tria>\n");
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
    ts_uint i;
    fprintf(fh,"<trianeigh>\n");
    ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
    for(i=0; i<tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
        ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
    }
    fprintf(fh,"</trianeigh>\n");
    ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
    ts_uint i,j;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        ts_sprintf(data,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
            fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
            ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
        }
        fprintf(fh, "</vtxn>\n");
        ts_sprintf(data, "</vtxn>\n");
    }
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
    ts_uint i,j;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        ts_sprintf(data,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
            fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
            ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
        }
        fprintf(fh, "</tristar>\n");
        ts_sprintf(data, "</tristar>\n");
    }
    return TS_SUCCESS;
}

 src/snapshot.h

@@ -1,11 +1,20 @@
#ifndef _H_SNAPSHOT
#define _H_SNAPSHOT



typedef struct{
    char *string;
    ts_uint beg;
} ts_string;

#define COMPRESSION

ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle);
ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle);
ts_bool xml_trisurf_footer(FILE *fh);
ts_bool xml_trisurf_tria(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist);
#endif

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
nshell=19
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)