Structures for grafted polymers (Samo&Miha)

mihaf

2013-11-29 1d5dff5a3576a028f691608ef9369844efdfe82b

Structures for grafted polymers (Samo&Miha)

 src/general.h

@@ -126,8 +126,6 @@
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;



/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
@@ -155,6 +153,7 @@
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
    struct ts_poly *grafted_poly;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -227,6 +226,23 @@



struct ts_poly {
    ts_vertex_list *vlist;
    ts_bond_list *blist;
    ts_vertex *grafted_vtx;
};
typedef struct ts_poly ts_poly;


struct ts_poly_list {
    ts_uint    n;
    ts_poly **poly;
};
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;




typedef struct {
    ts_vertex_list *vlist;
    ts_bond_list *blist;
@@ -239,6 +255,7 @@
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
    ts_poly_list *poly_list;
} ts_vesicle;



 src/poly.c

New file
@@ -0,0 +1,36 @@
ts_poly    *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
    ts_poly    *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
    poly->vlist = init_vertex_list(n);
    poly->blist = init_bond_list();
    poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
    grafted_vtx->grafted_poly = poly;

    ts_uint i;
    for(i=0,i<n-1,i++){
        vtx_add_cneighbour(poly->blist, poly->vlist->vtx[i], poly->vlist->vtx[i+1]);
    }

    return poly;
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list vlist){
    ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));

    if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
	
    ts_uint i=0;
    ts_uint gvtxi;
    while(i<n_poly){
        gvtxi = rand() % vlist->n
        if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
        poly_list->poly = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
        i++;
        }
    }
	
    poly_list->n = n_poly;

    return poly_list;
}