in debuggingg ptrocedure

Samo Penic

2014-04-23 0ee39cda7ef53b70ed466d0277d22913eddee689

in debuggingg ptrocedure

 src/shcomplex.c

@@ -130,31 +130,41 @@
}


ts_bool calculateKc(ts_vesicle *vesicle){
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle){

    ts_int i;
    gsl_matrix *A=gsl_matrix_alloc(vesicle->sphHarmonics->l,2);
    ts_int i,j;
    ts_double retval, bval;
    gsl_matrix *A=gsl_matrix_alloc(vesicle->sphHarmonics->l-1,2);
    gsl_vector *tau=gsl_vector_alloc(2);
    gsl_vector *b=gsl_vector_alloc(vesicle->sphHarmonics->l);
    gsl_vector *b=gsl_vector_alloc(vesicle->sphHarmonics->l-1);
    gsl_vector *x=gsl_vector_alloc(2);
    gsl_vector *res=gsl_vector_alloc(vesicle->sphHarmonics->l);
    gsl_vector *res=gsl_vector_alloc(vesicle->sphHarmonics->l-1);

    //solving (A^T*A)*x=A^T*UlmSqAvg
    //solving (A^T*A)*x=A^T*b
    //fill the data for matrix A and vector b
    for(i=1;i<=vesicle->sphHarmonics->l;i++){
    for(i=1;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
            gsl_matrix_set(A, i-1,0,(ts_double)((i-1)*(i+2)));
            gsl_matrix_set(A, i-1,1,(ts_double)((i-1)*(i+2)*(i+1)*i));
            gsl_vector_set(b,i-1,(ts_double)vesicle->sphHarmonics->N/vesicle->sphHarmonics->sumUlm2[i-1][(i-1)*2]);

            bval=0;
            //average for m from 0..l (only positive m's)
            for(j=0;j<i;j++){
                bval+=vesicle->sphHarmonics->sumUlm2[i][(j+i)];
            }
                bval=bval/(ts_double)vesicle->sphHarmonics->N/(ts_double)i;

            gsl_vector_set(b,i-1,1.0/bval);
    }
    fprintf(stderr,"b[2]=%e\n",gsl_vector_get(b,1));
//    fprintf(stderr,"b[2]=%e\n",gsl_vector_get(b,1));
    gsl_linalg_QR_decomp(A,tau);
    gsl_linalg_QR_lssolve(A,tau,b,x,res);
    fprintf(stderr,"kc=%e\n",gsl_vector_get(x,1));

//    fprintf(stderr,"kc=%e\n",gsl_vector_get(x,1));
    retval=gsl_vector_get(x,1);
    gsl_matrix_free(A);
    gsl_vector_free(tau);
    gsl_vector_free(b);
    gsl_vector_free(x);
    gsl_vector_free(res);
    return TS_SUCCESS;
    
    return retval;
}

 src/shcomplex.h

@@ -5,5 +5,5 @@
ts_spharm *complex_sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l);
ts_bool complex_sph_free(ts_spharm *sph);
ts_bool calculateUlmComplex(ts_vesicle *vesicle);
ts_bool calculateKc(ts_vesicle *vesicle);
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle);
#endif

 src/timestep.c

@@ -15,7 +15,7 @@

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
    ts_uint i, j,k;
    ts_double r0;
    ts_double r0,kc;
    ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
    ts_ulong epochtime;
    FILE *fd1;
@@ -24,7 +24,7 @@
    if(fd==NULL){
        fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
    }
    fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3\n");
    fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc\n");
    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -56,7 +56,7 @@
                calculateUlmComplex(vesicle);
                storeUlmComplex2(vesicle);
                saveAvgUlm2(vesicle);
                calculateKc(vesicle);
                kc=calculateKc(vesicle);
                fd1=fopen("state.dat","w");
                fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
                for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
@@ -71,7 +71,7 @@
                fclose(fd1);
            }

            fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3);
            fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc);
            fflush(fd);    
        //    sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
        //    write_pov_file(vesicle,filename);