First attempt to calculate points of cross-section

Samo Penic

2014-06-13 0af0cf6ac748ba9c135c9ca0a23cdd6cbf50caf1

First attempt to calculate points of cross-section

 src/coord.c

New file
@@ -0,0 +1,40 @@
#include<general.h>



ts_coord_list *init_coord_list(){
    ts_coord_list *coordlist=(ts_coord_list *)calloc(1,sizeof(ts_coord_list));
    if(coordlist==NULL){
        fatal("Cannot allocate memory for coordlist",999);
    }
    return coordlist;
}

ts_coord_list add_coord(ts_coord_list *coordlist, ts_double e1, ts_double e2, ts_double e3, ts_uint coord_type){

    coordlist->N++;
    coordlist->coord=(ts_coord *)realloc(coordlist->coord,N*sizeof(ts_coord));

    if(coordlist->coord==NULL){
        fatal("Cannot allocate memory for coord in coordlist",998);
    }
	
    coordlist->coord[coordlist->N-1]->e1=e1;
    coordlist->coord[coordlist->N-1]->e2=e2;
    coordlist->coord[coordlist->N-1]->e3=e3;
    coordlist->coord[coordlist->N-1]->coord_type=coord_type;
	
}

ts_bool coord_list_free(ts_coord_list coordlist){
    ts_uint i;
    if(coordlist==NULL) return TS_SUCCESS;
    for(i=0; i<coordlist->N;i++){
        if(coordlist->coord[N]!=NULL) free(coordlist->coord[N]);
    }

    free(coordlist);
    return TS_SUCCESS;	


}

 src/coord.h

New file
@@ -0,0 +1,6 @@
#ifndef _H_COORD
#define _H_COORD
ts_coord_list *init_coord_list();
ts_coord_list add_coord(ts_coord_list *coordlist, ts_double e1, ts_double e2, ts_double e3, ts_uint coord_type);
ts_bool coord_list_free(ts_coord_list coordlist);
#endif

 src/cross-section.c

New file
@@ -0,0 +1,43 @@
#include<general.h>
#include<cross-section.h>
#include<coord.h>

/** @brief Calculates cross-section of vesicle with plane.
 *
 * Function returns points of cross-section of vesicle with plane. Plane is described with equation $ax+by+cz+d=0$. Algorithm extracts coordinates of each vertex of a vesicle and then:
 *
 * if a distance of point to plane (given by equation $D=\frac{ax_0+by_0+cz_0+d}{\sqrt{a^2+b^2+c^2}}$, where $x_0$, $y_0$ and $z_0$ are coordinates of a given vertex) is less than maximal allowed distance between vertices {\tt sqrt(vesicle->dmax)} than vertex is a candidate for crossection calculation.
 *
 */
ts_coord_list get_crossection_with_plane(ts_vesicle vesicle,ts_double a,ts_double b,ts_double c, ts_double d){


    ts_uint i, j, k;
    ts_double pp,Dsq; // distance from the plane squared
    ts_double ppn,Dsqn; // distance from the plane squared of a neighbor
    ts_double u; //factor to scale vector from first vector to the second to get intersection
    ts_vertex *vtx;

    ts_coord_list *pts=init_coord_list();
    for(i=0;i<vesicle->vlist->N;i++){
        vtx=vesicle->vlist->vtx[i];

        pp=vtx->x*a+vtx->y*b+vtx->z*c+d;
        Dsq=pp*pp/(a*a+b*b+c*c);
        if(Dsq<vesicle->dmax){
            for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
                ppn=vtx->neigh[j]->x*a+vtx->neigh[j]->y*b+vtx->neigh[j]->z*c+d;
                if(pp*ppn<0){ //the combination of vertices are good candidates for a crossection
                    u=pp/(a*(vtx->x-vtx->neigh[j]->x)+b*(vtx->y-vtx->neigh[j]->y)+c(vtx->z-vtx->neigh[j]->z));
                    add_coord(pts, vtx->x+u(vtx->neigh[j]->x - vtx->x),
                            vtx->y+u(vtx->neigh[j]->y - vtx->y),		
                            vtx->z+u(vtx->neigh[j]->z - vtx->z),
                            TS_COORD_CARTESIAN);		
                }
            }
        }
    }
    return pts;
}



 src/cross-section.h

New file
@@ -0,0 +1,5 @@
#ifndef _H_CROSS_SECTION
#define _H_CROSS_SECTION

#endif


 src/general.h

@@ -128,6 +128,12 @@
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;


typedef struct {
    ts_double N;
    ts_coord *coord;
} ts_coord_list;

/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it