commiting all changes.

Samo Penic

2013-11-27 0652ee2715994b48a9bbfd1132bf0b65ad206289

commiting all changes.

 src/bondflip.c

@@ -13,6 +13,7 @@
#include<stdio.h>

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn){
    return TS_SUCCESS;
/*c  Vertex and triangle (lm and lp) indexing for bond flip:
c      +----- k-------+              +----- k ------+
c      |lm1 / | \ lp1 |              |lm1 /   \ lp1 |

 src/tape

@@ -31,7 +31,7 @@
#currently only none and smp makes sense. If set to none, smp_cores defaults to 1
multiprocessing=smp
#how many cores are allowed to process in SMP? If smp_cores=0, then number of threads will corespond with number of harware processor cores.
smp_cores=4
smp_cores=16
#how many nodes in cluster?
cluster_nodes=50
#max number of processes in distributed (voluntary) environment

 src/timestep.c

@@ -68,7 +68,9 @@
        end=(thID+1)*partition_size;
    }
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i,j; //b;
    ts_uint i,j,b;
    ts_vertex *vtx;
    //ts_bool retval;	
//    ts_fprintf(stdout,"Thread thID=%d report for duty. My vtxes are in range from %d to %d.\n",thID,thID*partition_size, end-1);
    for(i=thID*partition_size;i<end;i++){
        rnvec[0]=drand48();
@@ -99,20 +101,45 @@
    pthread_mutex_lock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);
    vertex_untaint(vesicle->vlist->vtx[i],1);
    pthread_mutex_unlock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);
//        ts_fprintf(stdout, "Vertex %d should be untainted, level=%d.\n", i, vesicle->vlist->vtx[i]->locked);
    }

//    ts_int cnt=0;
/*
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
	
    for(i=0;i<(ts_uint)((ts_double)(vesicle->vlist->n)/(ts_double)vesicle->threads);i++){
    b=rand() % vesicle->blist->n;
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
    vtx=vesicle->blist->bond[b]->vtx1;

    /**** THREAD IS POTENTIALLY LOCKED ******/
    pthread_mutex_lock(&vesicle->mutex->vtx_taint);
            while(vertex_tainted(vtx,2,1)){
        ts_fprintf(stdout, "BF:: thID=%d Vertex %d is tainted. Amount=%d. BU(H)TELJ!\n       neigh. vtxs: ",thID, i, *(vesicle->vlist->vtx[i]->locked));
        for(j=0; j<vesicle->vlist->vtx[i]->neigh_no; j++){
            ts_fprintf(stdout, "%d(a=%d) ", vesicle->vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx,  *(vesicle->vlist->vtx[i]->neigh[j]->locked));
        }
        ts_fprintf(stdout, ".\n"); 
    }
	
    pthread_mutex_lock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);
    vertex_taint(vtx,2);
    pthread_mutex_unlock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);

    pthread_mutex_unlock(&vesicle->mutex->vtx_taint);
    /**** THREAD IS RELEASING MUTEX RESOURCES ******/

    //retval=
    single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
	
    pthread_mutex_lock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);
    vertex_untaint(vtx,2);
    pthread_mutex_unlock(&vesicle->mutex->vtx_untaint);


//    if(retval==TS_SUCCESS) cnt++;        
    } 
//    printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n);
*/

/*    if(retval);
    return TS_SUCCESS;
*/

 src/vertex.c

@@ -316,7 +316,7 @@

ts_bool vertex_taint(ts_vertex *vtx, ts_uint level){
    ts_uint i;
    (*(vtx->locked))++; //lock current vertex
    (*(vtx->locked))=1; //lock current vertex
    if(level==0){ //if we reach last in recursion exit
        return TS_SUCCESS;    
    }    
@@ -327,7 +327,7 @@
}

ts_bool vertex_untaint(ts_vertex *vtx, ts_uint level){
        (*(vtx->locked))--;
        (*(vtx->locked))=0;
    if(level==0){
        return TS_SUCCESS;    
    }