Histogram data written to file

Samo Penic

2016-07-05 0334070e91966e5bb11b34b462491353a188e128

Histogram data written to file

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
nshell=10
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -86,9 +86,9 @@

#NirGov branch only!
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=300
number_of_vertices_with_c0=30
#spontaneous curvature (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
w=100.0


 src/tspoststat.c

@@ -28,7 +28,7 @@
#include <snapshot.h>
#include<gsl/gsl_complex.h>
#include<gsl/gsl_complex_math.h>

#include<stdio.h>

ts_vesicle *restoreVesicle(char *filename){
    ts_vesicle *vesicle = parseDump(filename);
@@ -63,6 +63,38 @@
    }
    return cnt;
}



ts_bool write_histogram_data(ts_uint timestep_no, ts_vesicle *vesicle){
    ts_cluster_list *cstlist=init_cluster_list();
    clusterize_vesicle(vesicle,cstlist);
    //printf("No clusters=%d\n",cstlist->n);
    int k,i,cnt;
    int max_nvtx=0;
    char filename[255];
    sprintf(filename,"histogram_%.6u.csv",timestep_no);
    FILE *fd=fopen(filename,"w");
    fprintf(fd,"Number_of_vertices_in cluster Number_of_clusters\n");
    for(k=0;k<cstlist->n;k++)
        if(cstlist->cluster[k]->nvtx>max_nvtx) max_nvtx=cstlist->cluster[k]->nvtx;
    //printf("Max. number of vertices in cluster: %d\n",max_nvtx);
    for(i=1;i<=max_nvtx;i++){
        cnt=0;
        for(k=0;k<cstlist->n;k++)
            if(cstlist->cluster[k]->nvtx==i) cnt++;
        fprintf(fd,"%d %d\n",i,cnt);
    }
    //for(k=0;k<cstlist->n;k++){
//        printf("*Cluster %d has %d vertices\n",k,cstlist->cluster[k]->nvtx);
//    }

    fclose(fd);
    cluster_list_free(cstlist);
	
    return TS_SUCCESS;
}


int main(){
    ts_vesicle *vesicle;
@@ -103,11 +135,7 @@
            gyration_eigen(vesicle,&l1,&l2,&l3);
            fprintf(stdout,"%d %.17e %.17e %.17e %.17e %.17e %.17e\n",atoi(number),vesicle->volume, vesicle->area,l1,l2,l3, (ts_double)count_bonds_with_energy(vesicle->blist)/(ts_double)vesicle->blist->n),
                        tstep++;

            ts_cluster_list *cstlist=init_cluster_list();
            clusterize_vesicle(vesicle,cstlist);
            printf("No clusters=%d\n",cstlist->n);
            cluster_list_free(cstlist);
            write_histogram_data(atoi(number), vesicle);
                    free(number);
            tape_free(vesicle->tape);
            vesicle_free(vesicle);