Testing and fixes

Samo Penic

2016-06-21 032273a4cf21e1a43038b60b8744021930c97a5b

Testing and fixes

 src/bondflip.c

@@ -168,6 +168,7 @@
  oldenergy+=kp->xk* kp->energy;
  oldenergy+=km->xk* km->energy;
  oldenergy+=it->xk* it->energy;
  oldenergy+=bond->energy; /* attraction with neighboring vertices, that have spontaneous curvature */
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

    if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch>0){dvol = -lm->volume - lp->volume;}
@@ -177,7 +178,7 @@
*/

/* fix data structure for flipped bond */
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1);
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1, vesicle->tape->w);


/* Calculating the new energy */
@@ -186,6 +187,7 @@
  delta_energy+=kp->xk* kp->energy;
  delta_energy+=km->xk* km->energy;
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
  delta_energy+=bond->energy; /* attraction with neighboring vertices, that have spontaneous curvature */
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

    delta_energy-=oldenergy;
@@ -369,7 +371,7 @@


ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp,
ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1){
ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1, ts_double w_energy){

    ts_uint i; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
@@ -435,6 +437,7 @@
  energy_vertex(kp);
  energy_vertex(km);
  energy_vertex(it);
  attraction_bond_energy(bond, w_energy);
// END modifications to data structure!
    return TS_SUCCESS;
}

 src/bondflip.h

@@ -4,5 +4,5 @@

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn);

ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp, ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1);
ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp, ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1, ts_double w_energy);
#endif

 src/energy.c

@@ -200,7 +200,7 @@
inline ts_bool attraction_bond_energy(ts_bond *bond, ts_double w){

    if(fabs(bond->vtx1->c)>1e-16 && fabs(bond->vtx2->c)>1e-16){
        bond->energy=w;
        bond->energy=-w;
    }
    else {
        bond->energy=0.0;

 src/tape

@@ -54,7 +54,7 @@
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=200
mcsweeps=2000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
@@ -86,9 +86,9 @@

#NirGov branch only!
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=1447
number_of_vertices_with_c0=300
#spontaneous curvature (float)
c0=2.0
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature
w=1.0
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0