Added extra calculation of Kc from 3<=l<=6

Samo Penic

2014-04-25 1665aaef46e1bf85eb99f709bb596ab4fcc07f59

 src/timestep.c

@@ -10,19 +10,21 @@
#include "io.h"
#include "stats.h"
#include "sh.h"
#include "shcomplex.h"
#include "vesicle.h"

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j;
   ts_double r0;
   ts_uint i, j,k;
   ts_double r0,kc1,kc2,kc3,kc4;
   ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   FILE *fd1;
//    char filename[255];
   FILE *fd=fopen("statistics.csv","w");
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lmabda3\n");
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -45,17 +47,36 @@
         write_master_xml_file("test.pvd");
         epochtime=get_epoch();         
         gyration_eigen(vesicle, &l1, &l2, &l3);
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume);
         vesicle_volume(vesicle);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. Area is not added to ts_vesicle yet!
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume); //that's why I must recalculate area (and volume for no particular reason).
         r0=getR0(vesicle);
         preparationSh(vesicle,r0);
         calculateYlmi(vesicle);
         calculateUlm(vesicle);
         storeUlm2(vesicle);
         saveAvgUlm2(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
             //calculateYlmi(vesicle);
             calculateUlmComplex(vesicle);
             storeUlmComplex2(vesicle);
             saveAvgUlm2(vesicle);
                kc1=calculateKc(vesicle, 2,9);
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
                kc4=calculateKc(vesicle, 3,6);
            
            fd1=fopen("state.dat","w");
            fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
            for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
               fprintf(fd1,"%e %e %e %e %e\n",
                  vesicle->vlist->vtx[k]->x,
                  vesicle->vlist->vtx[k]->y,
                  vesicle->vlist->vtx[k]->z,
                  vesicle->vlist->vtx[k]->solAngle,
                  vesicle->vlist->vtx[k]->relR
               );
            }
            fclose(fd1);
            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %e %e %e %e %e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3);
			
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);
          fflush(fd);	
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);
      }