Merge with trout-rnc.

Samo Penic

2014-03-21 42641cde38cfd1d27a2031604cc1397b5bd2849b

 src/sh.c

@@ -9,7 +9,7 @@
    ts_uint j,i;
    ts_spharm *sph=(ts_spharm *)malloc(sizeof(ts_spharm));

    
    sph->N=0;
    /* lets initialize Ylm for each vertex. */
    sph->Ylmi=(ts_double ***)calloc(l,sizeof(ts_double **));
    for(i=0;i<l;i++){
@@ -25,6 +25,11 @@
        sph->ulm[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }

    /* lets initialize sum of Ulm2 */
    sph->sumUlm2=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->sumUlm2[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }

    /* lets initialize co */
//NOTE: C is has zero based indexing. Code is imported from fortran and to comply with original indexes we actually generate one index more. Also second dimension is 2*j+2 instead of 2*j+2. elements starting with 0 are useles and should be ignored!
@@ -46,6 +51,7 @@
    int i,j;
    for(i=0;i<sph->l;i++){
        if(sph->ulm[i]!=NULL) free(sph->ulm[i]);
        if(sph->sumUlm2[i]!=NULL) free(sph->sumUlm2[i]);
        if(sph->co[i]!=NULL) free(sph->co[i]);
    }
        if(sph->co[sph->l]!=NULL) free(sph->co[sph->l]);
@@ -69,7 +75,7 @@
}

/* Gives you legendre polynomials. Taken from NR, p. 254 */
ts_double plgndr(ts_int l, ts_int m, ts_float x){
ts_double plgndr(ts_int l, ts_int m, ts_double x){
   ts_double fact, pll, pmm, pmmp1, somx2;
   ts_int i,ll;

@@ -232,6 +238,7 @@
ts_bool preparationSh(ts_vesicle *vesicle, ts_double r0){
//TODO: before calling or during the call calculate area of each triangle! Can
//be also done after vertexmove and bondflip //
//DONE: in energy calculation! //
    ts_uint i,j;
    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
    ts_vertex *cvtx;
@@ -274,7 +281,7 @@
    r=sqrtl(cvtx->x*cvtx->x+cvtx->y*cvtx->y+cvtx->z*cvtx->z);
#endif
    cvtx->relR=(r-r0)/r0;
    cvtx->solAngle=cvtx->projArea/cvtx->relR * cvtx->projArea/cvtx->relR;
    cvtx->solAngle=cvtx->projArea/r/r;
    }
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -282,7 +289,7 @@


ts_bool calculateYlmi(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,j,k;
    ts_int i,j,k;
    ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
    ts_coord *coord=(ts_coord *)malloc(sizeof(ts_coord));
    ts_double fi, theta;
@@ -297,11 +304,30 @@
        for(i=1; i<sph->l; i++){
            for(j=0;j<i;j++){
         m=j+1;
//Nastudiraj!!!!!
                sph->Ylmi[i][j][k]=sph->co[i][m]*cos((m-i-1)*fi)*pow(-1,m-i-1)*plgndr(i,abs(m-i-1),cos(theta));
      if(i==2 && j==0){
   /*   fprintf(stderr," **** vtx %d ****\n", k+1);
      fprintf(stderr,"m-i-1 =%d\n",m-i-1);
      fprintf(stderr,"fi =%e\n",fi);
      fprintf(stderr,"(m-i-1)*fi =%e\n",((ts_double)(m-i-1))*fi);
      fprintf(stderr,"-2*fi =%e\n",-2*fi);
      fprintf(stderr,"m =%d\n",m);
	
      fprintf(stderr," cos(m-i-1)=%e\n",cos((m-i-1)*fi));
      fprintf(stderr," cos(-2*fi)=%e\n",cos(-2*fi));
      fprintf(stderr," sph->co[i][m]=%e\n",sph->co[i][m]);
      fprintf(stderr," plgndr(i,abs(m-i-1),cos(theta))=%e\n",plgndr(i,abs(m-i-1),cos(theta)));
*/
      }
            }
                sph->Ylmi[i][j+1][k]=sph->co[i][m+1]*plgndr(i,0,cos(theta));
            for(j=i+1;j<2*i;j++){
//Nastudiraj!!!!!
      j=i;
      m=j+1;
                sph->Ylmi[i][j][k]=sph->co[i][m]*plgndr(i,0,cos(theta));
            for(j=i+1;j<2*i+1;j++){
         m=j+1;
//Nastudiraj!!!!!
                sph->Ylmi[i][j][k]=sph->co[i][m]*sin((m-i-1)*fi)*plgndr(i,m-i-1,cos(theta));
            }
        }
@@ -317,7 +343,7 @@
    ts_uint i,j,k;
    ts_vertex *cvtx;
    for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
        for(j=0;j<2*i;j++) vesicle->sphHarmonics->ulm[i][j]=0.0;
        for(j=0;j<2*i+1;j++) vesicle->sphHarmonics->ulm[i][j]=0.0;
    }

//TODO: call calculateYlmi !!!
@@ -326,7 +352,7 @@
    for(k=0;k<vesicle->vlist->n; k++){
        cvtx=vesicle->vlist->vtx[k];
        for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
            for(j=0;j<2*i;j++){
            for(j=0;j<2*i+1;j++){
                vesicle->sphHarmonics->ulm[i][j]+= cvtx->solAngle*cvtx->relR*vesicle->sphHarmonics->Ylmi[i][j][k];
            }

@@ -335,3 +361,21 @@

    return TS_SUCCESS;
}





ts_bool storeUlm2(ts_vesicle *vesicle){

ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
ts_int i,j;
for(i=0;i<sph->l;i++){
    for(j=0;j<2*i+1;j++){
   /* DEBUG fprintf(stderr,"sph->sumUlm2[%d][%d]=%e\n",i,j,sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j]); */
        sph->sumUlm2[i][j]+=sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j];
    }
}
   sph->N++;
return TS_SUCCESS;
}