Merge with trout-rnc.

Samo Penic

2014-03-21 42641cde38cfd1d27a2031604cc1397b5bd2849b

 src/poly.c

@@ -6,6 +6,17 @@
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
    vesicle->filament_list->poly[i]->k = tape->xi;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
   ts_uint i;

@@ -20,8 +31,10 @@
   ts_poly   *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
   poly->vlist = init_vertex_list(n);
   poly->blist = init_bond_list();
   if (grafted_vtx!=NULL){
   poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
   grafted_vtx->grafted_poly = poly;
   }

   ts_uint i;
   for(i=0;i<n-1;i++){
@@ -38,13 +51,17 @@
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle){
   ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
   poly_list->poly   = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
   ts_uint i=0,j=0; //idx;
   ts_uint gvtxi;
   ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;
   ts_double dphi,dh;
   ts_uint ji;

   // Grafting polymers:
   if (vlist!=NULL){
   if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
   
   while(i<n_poly){
@@ -54,10 +71,18 @@
      i++;
      }
   }
   }
   else
   {
      for(i=0;i<n_poly;i++){
         poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, NULL);
      }
   }
   
   poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
   if (vlist!=NULL){
   /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
   for (i=0;i<poly_list->n;i++){

      xnorm=0.0;
@@ -79,6 +104,21 @@
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
      }
   }
   }
   else
   {
   /* Make filaments inside the vesicle. Helix with radius... Dist. between poly vertices put to 1*/
      dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/vesicle->R_nucleus)*1.001;
      dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
      for(i=0;i<poly_list->n;i++){
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            ji = j + i*poly_list->poly[i]->vlist->n;
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = vesicle->R_nucleus*cos(ji*dphi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = vesicle->R_nucleus*sin(ji*dphi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = ji*dh - (dh*poly_list->n*poly_list->poly[i]->vlist->n/2.0);
         }
      }
   }

      //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
/*   idx=vlist->n;