Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2014-03-05 719c9febac2eaff9483fda487b57684afbb59bb2
src/bond.c
@@ -10,30 +10,95 @@
}
ts_bond  *bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_uint i;
    /* no vertices must be null! */
    if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return NULL;
    /* TODO: Verify if the bond already exists... Don't do multiple bonds */
    /* Verify if the bond already exists... Don't do multiple bonds */
    for(i=0;i<blist->n;i++){
       if((blist->bond[i]->vtx1==vtx1 || blist->bond[i]->vtx1==vtx2)
        &&(blist->bond[i]->vtx2==vtx1 || blist->bond[i]->vtx2==vtx2))
        return blist->bond[i];
    }
   blist->n++;
   blist->bond=(ts_bond **)realloc(blist->bond,blist->n*sizeof(ts_bond *));
   if(blist->bond==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional **ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
    if(blist->bond[blist->n-1]==NULL) fatal("Cannot allocate memory for additional *ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]->data=(ts_bond_data *)malloc(sizeof(ts_bond_data));
    
   //NOW insert vertices into data!   
   blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx1=vtx1;
   blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx2=vtx2;
   blist->bond[blist->n - 1]->vtx1=vtx1;
   blist->bond[blist->n - 1]->vtx2=vtx2;
   blist->bond[blist->n - 1]->tainted=0;
    //Should we calculate bond length NOW?
   
   return blist->bond[blist->n-1];
}
/* Two triangles are assigned to the bond. Bond must already be initialized. */
ts_bool bond_assign_triangles(ts_bond *bond){
   ts_vertex *vtx1=bond->vtx1, *vtx2=bond->vtx2;
   ts_uint i,j,k;
   ts_uint i1=0,i2=0,i3=0,im=0;
   ts_triangle *ttria;
   for(i=0,k=0;i<vtx1->tristar_no;i++){
      for(j=0;j<3;j++){
         if(vtx1->tristar[i]->vertex[j]==vtx2){
            //triangle found;
            bond->tria[k]=vtx1->tristar[i];
            k++;
         }
      }
   }
   if(k<2) return TS_FAIL;
   //We will sort the triangles so, they are oriented as km and kp for bondflip
   for(i=0;i<3;i++){
      if(bond->tria[0]->vertex[i]==vtx1){
         i1=i;
      }
      else if(bond->tria[0]->vertex[i]==vtx2){
         i2=i;
      }
      else i3=i;
   }
   if(i1>i2 || (i1==0 && i2==2)){
      //pozitivna orientacija!
      ttria=bond->tria[0];
      bond->tria[0]=bond->tria[1];
      bond->tria[1]=ttria;
      bond->adjvtx[1]=bond->tria[0]->vertex[i3];
      im=0;
   }
   else{
      bond->adjvtx[0]=bond->tria[0]->vertex[i3];
      im=1;
   }
      for(i=0;i<3;i++){
      if(bond->tria[1]->vertex[i]==vtx1){
         i1=i;
      }
      else if(bond->tria[1]->vertex[i]==vtx2){
         i2=i;
      }
      else i3=i;
   }
      bond->adjvtx[im]=bond->tria[1]->vertex[i3];
#ifdef DEBUG
   if(bond->adjvtx[0]==NULL) fatal("AdjVTX[0] is NULL",1);
   if(bond->adjvtx[1]==NULL) fatal("AdjVTX[1] is NULL",1);
#endif
   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist){
    ts_uint i;
    for(i=0;i<blist->n;i++){
    free(blist->bond[i]->data);
    free(blist->bond[i]);
    }
    free(blist->bond);