Added a funciton that calculates everything needed for spherical harmonics

Samo Penic

2018-07-02 f977e8fe32b6a1a2ae85662ab35fd7c9f647cc3e

 src/vertex.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include<string.h>
@@ -5,6 +6,14 @@
#include "vertex.h"
#include "bond.h"
#include<stdio.h>

ts_bool vertex_list_assign_id(ts_vertex_list *vlist, ts_uint id){
   ts_uint i;	
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      vlist->vtx[i]->id = id;
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){   
   ts_int i;
@@ -72,25 +81,25 @@
ts_bool vtx_remove_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    ts_int i,j=-1;
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
//      fprintf(stderr,"neigh_addr=%ld\n", (long)vtx->neigh[i]);
        if(vtx->neigh[i]!=nvtx){
            vtx->neigh[j]=vtx->neigh[i];
            j++;
        }
    }
    if(j==0) { 
        fatal("vtx_remove_neighbour: Error, vertices are not neighbours", 100);
    }
//   fprintf(stderr,"remove_neighbour: vtx1_addr=%ld, vtx2_addr=%ld\n",(long)vtx,(long)nvtx);
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->neigh_no--;
    vtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(vtx->neigh == NULL && vtx->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
fprintf(stderr,"first alloc");
        fatal("(1) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
//fprintf(stderr,"first alloc");
/* repeat for the neighbour */
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
   j=0;
    for(i=0;i<nvtx->neigh_no;i++){
        if(nvtx->neigh[i]!=vtx){
            nvtx->neigh[j]=nvtx->neigh[i];
@@ -98,10 +107,12 @@
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming. */
//   fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    nvtx->neigh_no--;
    nvtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->neigh,nvtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
          nvtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->neigh,nvtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
//   fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    if(nvtx->neigh == NULL && nvtx->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
        fatal("(2) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -128,6 +139,7 @@
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1,vtx2);
  //  retval=vtx_add_neighbour(vtx2,vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS)
    retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
    return retval;
@@ -188,6 +200,19 @@
    return TS_SUCCESS;
}

/** Calculates the triple product of vectors defined by vertices vtx1, vtx2 and vtx3, ($\mathrm{vtx}_1\cdot(\mathrm{vtx}_2\cross\mathrm{vtx}_3$):
 *  \begin{vmatrix}
 *  x_1 & y_1 & z_1 \\
 *  x_2-x_1 & y_2-y_1 & z_2-z_1\\
 *  x_3-x_1 & y_3-y_1 & z_3-z_1\\
 *  \end{vmatrix}
 *  where the vertices coordinates are denoted by corresponding vertex index number. Function is used to determine the orientation of area formed by triangle formed by the three given vertices.
 *
 *      @param vtx1 is first vertex, according to which the orientation is calculated
 *      @param vtx2 is the second vertex
 *      @param vtx3 is the third vertex
 *      @returns directionality of the area of the triangle formed by vertices vtx1, vtx2 and vtx3. It is positive if vtx1, vtx2 and vtx3 are oriented counter-clockwise.
*/
inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
    ts_double dX2=vtx2->x-vtx1->x;
    ts_double dY2=vtx2->y-vtx1->y;