debugged seg_fault. Found error in io.h. However, it is unknown why bond_no...

Samo Penic

2014-03-08 cef6cace886115944d4abc04f37a6741c437bce1

 src/vertexmove.c

@@ -18,7 +18,7 @@
    ts_double dist;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_double delta_energy,oenergy,dvol=0.0;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex backupvtx[20];
@@ -57,6 +57,16 @@
      return TS_FAIL;
      }
    }

// Distance with grafted poly-vertex check:	
   if(vtx->grafted_poly!=NULL){
      dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->grafted_poly->vlist->vtx[0]);
        if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
      }
   }

    //self avoidance check with distant vertices
     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);
    //check occupation number
@@ -73,7 +83,9 @@
   memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
   }


   if(vesicle->pswitch == 1){
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol-=vtx->tristar[i]->volume;
   };

    delta_energy=0;
    //update the normals of triangles that share bead i.
@@ -88,14 +100,18 @@
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    }

   if(vesicle->pswitch == 1){
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol+=vtx->tristar[i]->volume;
      delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
   };

/* No poly-bond energy for now!
   if(vtx->grafted_poly!=NULL){
      delta_energy+=
         (pow(sqrt(vtx_distance_sq(vtx, vtx->grafted_poly->vlist->vtx[0])-1),2)-
         pow(sqrt(vtx_distance_sq(&backupvtx[0], vtx->grafted_poly->vlist->vtx[0])-1),2)) *vtx->grafted_poly->k;
		
	
   }

*/
//   fprintf(stderr, "DE=%f\n",delta_energy);
    //MONTE CARLOOOOOOOO
    if(delta_energy>=0){
@@ -139,11 +155,12 @@
   ts_uint i;
   ts_bool retval; 
   ts_uint cellidx; 
   ts_double delta_energy;
//   ts_double delta_energy;
   ts_double costheta,sintheta,phi,r;
   ts_double dist;
   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex backupvtx;
   ts_bond backupbond[2];
//   ts_bond backupbond[2];
   memcpy((void *)&backupvtx,(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

   //random move in a sphere with radius stepsize:
@@ -157,13 +174,23 @@


   //distance with neighbours check
//   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
//   dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);
//   if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
//   vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
//   return TS_FAIL;
//      }
//   }
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
      dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);
      if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
         vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
         return TS_FAIL;
      }
   }

// Distance with grafted vesicle-vertex check:	
   if(vtx==poly->vlist->vtx[0]){
      dist=vtx_distance_sq(vtx,poly->grafted_vtx);
        if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
      }
   }


   //self avoidance check with distant vertices
   cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);
@@ -177,6 +204,7 @@


   //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
/* Energy ignored for now!
   delta_energy=0;
   for(i=0;i<vtx->bond_no;i++){
      memcpy((void *)&backupbond[i],(void *)vtx->bond[i],sizeof(ts_bond));
@@ -214,6 +242,7 @@
    return TS_FAIL; 
   }
   }
*/
      
//   oldcellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, &backupvtx[0]);
   if(vtx->cell!=vesicle->clist->cell[cellidx]){