Changes in plates movement

Samo Penic

2018-10-11 b4e2e6dbd5049ae279f0f74838cd21b625148c72

 src/general.h

@@ -1,8 +1,10 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _GENERAL_H
#define _GENERAL_H

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>
#include<gsl/gsl_complex.h>
/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -154,7 +156,8 @@
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_cluster *cluster;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -222,6 +225,7 @@
typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    gsl_complex **ulmComplex;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
@@ -247,6 +251,55 @@



typedef struct {
   long int nshell;
   long int ncxmax;
   long int ncymax;
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int internal_poly;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
       long int brezveze1;
       long int brezveze2;
       ts_double xk0;
   ts_double dmax;
   ts_double dmin_interspecies;
   ts_double stepsize;
   ts_double kspring;
   ts_double xi;
   ts_double pressure;
   long int iterations;
   long int inititer;
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
   long int shc;
   long int number_of_vertices_with_c0;
   ts_double c0;
   ts_double w;
   ts_double F;
   long int plane_confinement_switch;
   ts_double plane_d;
   ts_double plane_F;
} ts_tape;

typedef struct{
   ts_float z_max;
   ts_float z_min;
} ts_confinement_plane;



typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
@@ -268,18 +321,41 @@
   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;

    ts_tape *tape;
   ts_double R_nucleus;

   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   ts_double nucleus_center[3];
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
} ts_vesicle;



struct ts_cluster{
   ts_uint nvtx;
   ts_uint idx;
   ts_vertex **vtx;
};

typedef struct ts_cluster ts_cluster;

typedef struct{
   ts_uint n;
   ts_cluster **cluster;
} ts_cluster_list;




/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;


ts_double V0;
ts_double A0;
ts_double epsvol;
ts_double epsarea;
/* FUNCTIONS */

/** Non-fatal error function handler:
@@ -300,4 +376,12 @@
#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data


/* FOR PID GENERATION ROUTINE */
#define CPF_CLOEXEC 1

int createPidFile(const char *progName, const char *pidFile, int flags);

int lockRegion(int fd, int type, int whence, int start, int len);
char *libVersion();
#endif