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Samo Penic

2013-11-27 0652ee2715994b48a9bbfd1132bf0b65ad206289

 src/general.h

@@ -3,7 +3,7 @@

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>

#include<pthread.h>
/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -110,12 +110,29 @@

/* STRUCTURES */


/** @brief Data structure for keeping the coordinates in selected coordinate
 * system
 */
#define TS_COORD_CARTESIAN 0
#define TS_COORD_SPHERICAL 1
#define TS_COORD_CYLINDRICAL 2

typedef struct {
    ts_double e1;
    ts_double e2;
    ts_double e3;
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;



/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex_data holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
struct ts_vertex_data {
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete, since it is also present in ts_vertex structure. */        
struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
        ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
        ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
@@ -134,12 +151,10 @@
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
};
typedef struct ts_vertex_data ts_vertex_data;

struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_vertex_data *data;
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   ts_uint *locked;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -155,6 +170,7 @@
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -172,6 +188,8 @@
   ts_double xnorm;
   ts_double ynorm;
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

@@ -199,6 +217,22 @@


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;
} ts_spharm;


typedef struct {
   pthread_mutex_t vtx_taint;
   pthread_mutex_t vtx_untaint;
   pthread_mutex_t cell_modify;
} ts_mutex;

typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_triangle_list *tlist;
@@ -208,9 +242,15 @@
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
   ts_uint threads;
   ts_mutex *mutex;
} ts_vesicle;




/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;