Finished spontaneous force

Samo Penic

2016-07-06 250de4d124ea8dc4929a9c334d94fc51018fa53c

 src/tape

@@ -12,7 +12,7 @@

# Pressure calculations
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 1
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=-10.0

@@ -21,13 +21,13 @@
constvolprecision=1e-14

#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=2
constareaswitch=0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=2
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800

@@ -35,16 +35,16 @@
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=0
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
nfono=3
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=0
xi=100

####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
R_nucleus=0
R_nucleusX=2.0
R_nucleusY=6.0
R_nucleusZ=2.0
R_nucleusX=0
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
@@ -69,6 +69,8 @@

#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false
 


#what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
#currently only none makes sense.
@@ -80,3 +82,14 @@
#max number of processes in distributed (voluntary) environment
distributed_processes=50
#cuda options???


#NirGov branch only!
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
#spontaneous curvature (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0