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Samo Penic

2023-01-24 a8e354c7fad70eb7fdfda62ec83faf1be6c4ed44

 src/general.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _GENERAL_H
#define _GENERAL_H

@@ -155,7 +156,9 @@
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_cluster *cluster;
   ts_double direct_interaction_force;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -193,11 +196,13 @@
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
   ts_double energy;
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
   ts_double a0;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
@@ -215,7 +220,7 @@
    ts_cell **cell;
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
    ts_uint max_occupancy;
   ts_double dmin_interspecies;
} ts_cell_list;

@@ -248,6 +253,11 @@
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;


typedef struct{
   ts_float z_max;
   ts_float z_min;
   ts_int force_switch;
} ts_confinement_plane;

typedef struct {
   long int nshell;
@@ -256,12 +266,18 @@
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int internal_poly;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
   long int stretchswitch;
   ts_double xkA0;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
@@ -279,6 +295,13 @@
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
   long int shc;
   long int number_of_vertices_with_c0;
   ts_double c0;
   ts_double w;
   ts_double F;
   long int plane_confinement_switch;
   ts_double plane_d;
   ts_double plane_F;
} ts_tape;


@@ -304,20 +327,31 @@
   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;
    ts_tape *tape;
    ts_tape *tape;
   ts_double R_nucleus;
    ts_double area;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   ts_double nucleus_center[3];
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
} ts_vesicle;



/* GLOBAL VARIABLES */
struct ts_cluster{
   ts_uint nvtx;
   ts_uint idx;
   ts_vertex **vtx;
};

int quiet;
ts_double V0;
ts_double A0;
ts_double epsvol;
ts_double epsarea;
typedef struct ts_cluster ts_cluster;

typedef struct{
   ts_uint n;
   ts_cluster **cluster;
} ts_cluster_list;

/* FUNCTIONS */

/** Non-fatal error function handler:
@@ -338,4 +372,12 @@
#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data


/* FOR PID GENERATION ROUTINE */
#define CPF_CLOEXEC 1

int createPidFile(const char *progName, const char *pidFile, int flags);

int lockRegion(int fd, int type, int whence, int start, int len);
char *libVersion();
#endif