Debugged vertexmove. testing bondflip.

Samo Penic

2014-04-30 fe5069cc3872b513f4715b0cfd303175ae80c468

 src/timestep.c

@@ -15,7 +15,7 @@

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j,k;
   ts_double r0,kc1,kc2,kc3;
   ts_double r0,kc1,kc2,kc3,kc4;
   ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   FILE *fd1;
@@ -24,9 +24,10 @@
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end)\n");
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   vesicle_volume(vesicle); //needed for constant volume at this moment
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=start_iteration;i<inititer+iterations;i++){
      vmsr=0.0;
@@ -59,6 +60,7 @@
                kc1=calculateKc(vesicle, 2,9);
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
                kc4=calculateKc(vesicle, 3,6);
            
            fd1=fopen("state.dat","w");
            fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
@@ -74,7 +76,7 @@
            fclose(fd1);
            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3);
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);
          fflush(fd);   
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);
@@ -87,7 +89,7 @@
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle,ts_double *vmsr, ts_double *bfsr){
    ts_bool retval;
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i,j,b;
    ts_uint i,j, b;
    ts_uint vmsrcnt=0;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
@@ -103,6 +105,7 @@
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
    retval=TS_FAIL;
   if(retval==TS_SUCCESS) bfsrcnt++;        
    }