Added nucleus. Better initial configuration of filaments.

mihaf

2014-03-25 fe24d29b3c8684f08dccd01f5785aa48b7137322

 src/vertexmove.c

@@ -67,6 +67,13 @@
      }
   }

// TODO: Maybe faster if checks only nucleus-neighboring cells
// Nucleus penetration check:
   if (vtx->x*vtx->x + vtx->y*vtx->y + vtx->z*vtx->z < vesicle->R_nucleus){
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
   }

    //self avoidance check with distant vertices
     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);
    //check occupation number
@@ -291,6 +298,13 @@
      }
   }

// TODO: Maybe faster if checks only nucleus-neighboring cells
// Nucleus penetration check:
   if (vtx->x*vtx->x + vtx->y*vtx->y + vtx->z*vtx->z < vesicle->R_nucleus){
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
   }


   //self avoidance check with distant vertices
   cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);