Added nucleus. Better initial configuration of filaments.

mihaf

2014-03-25 fe24d29b3c8684f08dccd01f5785aa48b7137322

 src/timestep.c

@@ -8,20 +8,28 @@
#include "bondflip.h"
#include "frame.h"
#include "io.h"
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations){

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j;
//    char filename[255];

   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=0;i<inititer+iterations;i++){
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=start_iteration;i<inititer+iterations;i++){
      for(j=0;j<mcsweeps;j++){
         single_timestep(vesicle);
      }
      centermass(vesicle);
      cell_occupation(vesicle);
      if(i>inititer){
      ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
            dump_state(vesicle,i);
      if(i>=inititer){
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
   write_master_xml_file("test.pvd");

      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);
      }
   }
   return TS_SUCCESS;
@@ -30,7 +38,7 @@
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i, b;
    ts_uint i,j,b;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
@@ -39,7 +47,7 @@
    }

//   ts_int cnt=0;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
    for(i=0;i<3*vesicle->vlist->n;i++){
//why is rnvec needed in bondflip?
/*        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
@@ -50,8 +58,29 @@
        //call single_bondflip_timestep...
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
//   if(retval==TS_SUCCESS) cnt++;        
    } 
//   printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n);
    }

   for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
      for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         rnvec[0]=drand48();
         rnvec[1]=drand48();
         rnvec[2]=drand48();
         retval=single_poly_vertex_move(vesicle,vesicle->poly_list->poly[i],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j],rnvec);	
      }
   }


   for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
      for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         rnvec[0]=drand48();
         rnvec[1]=drand48();
         rnvec[2]=drand48();
         retval=single_filament_vertex_move(vesicle,vesicle->filament_list->poly[i],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j],rnvec);	
      }
   }
 

//   printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,3*vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n/3.0);
   if(retval);
    return TS_SUCCESS;
}