Changed define in initial_distribution.h from A0 to DEF_A0 to avoid possibl...

Samo Penic

2016-06-02 fab2ad6a75f1a05fd043f7ef1da62bb722175063

 src/io.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "io.h"
@@ -15,6 +16,7 @@
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <snapshot.h>
/** DUMP STATE TO DISK DRIVE **/

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration){
@@ -24,7 +26,7 @@
    FILE *fh=fopen(command_line_args.dump_fullfilename,"wb");

    /* dump vesicle */
    fwrite(vesicle, sizeof(ts_vesicle),1,fh);
    fwrite(vesicle, sizeof(ts_vesicle)-sizeof(ts_double),1,fh);
    /* dump vertex list */
    fwrite(vesicle->vlist, sizeof(ts_vertex_list),1,fh);
    /* dump bond list */
@@ -201,7 +203,7 @@
/* we restore all the data from the dump */
    /* restore vesicle */
    ts_vesicle *vesicle=(ts_vesicle *)calloc(1,sizeof(ts_vesicle));
    retval=fread(vesicle, sizeof(ts_vesicle),1,fh);
    retval=fread(vesicle, sizeof(ts_vesicle)-sizeof(ts_double),1,fh);
//   fprintf(stderr,"was here! %e\n",vesicle->dmax);

    /* restore vertex list */
@@ -449,17 +451,19 @@
           {"force-from-tape", no_argument,       &(command_line_args.force_from_tape), 1},
      {"reset-iteration-count", no_argument, &(command_line_args.reset_iteration_count), 1},
           {"tape",     no_argument,       0, 't'},
      {"version", no_argument, 0, 'v'},
           {"output-file",  required_argument, 0, 'o'},
           {"directory",  required_argument, 0, 'd'},
           {"dump-filename", required_argument,0, 'f'},
           {"tape-options",required_argument,0,'c'},
           {"tape-template", required_argument,0,0},
            {"restore-from-vtk",required_argument,0,0},
           {0, 0, 0, 0}
         };
       /* getopt_long stores the option index here. */
       int option_index = 0;

       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:c:",
       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:c:v",
                        long_options, &option_index);

       /* Detect the end of the options. */
@@ -480,7 +484,15 @@
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"tape-template")==0){
                strcpy(command_line_args.tape_templatefull,optarg);
            }
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"restore-from-vtk")==0){
                strcpy(command_line_args.dump_from_vtk,optarg);
            }
           break;
    case 'v':
      fprintf(stdout,"TRISURF-NG v. %s, compiled on: %s %s.\n", TS_VERSION, __DATE__, __TIME__);
           fprintf(stdout,"Programming done by: Samo Penic and Miha Fosnaric\n");
           fprintf(stdout,"Released under terms of GPLv3\n");
      exit(0);

         case 'c':
              strcpy(command_line_args.tape_opts,optarg);
@@ -519,8 +531,8 @@

         case '?':
           /* getopt_long already printed an error message. */

            ts_fprintf(stderr,"\n\nhere comes the help.\n\n");
            print_help(stdout);
//ts_fprintf(stderr,"\n\nhere comes the help.\n\n");
            fatal("Ooops, read help first",1);
           break;

@@ -586,6 +598,32 @@
    free(buffer);
    return TS_SUCCESS;

}


ts_bool print_help(FILE *fd){
   fprintf(fd,"TRISURF-NG v. %s, compiled on: %s %s.\n", TS_VERSION, __DATE__, __TIME__);
   fprintf(fd,"Programming done by: Samo Penic and Miha Fosnaric\n");
   fprintf(fd,"Released under terms of GPLv3\n\n");

   fprintf(fd, "Invoking trisurf-ng without any flags results in default operation. Program reads 'tape' file and 'dump.bin' binary representation of the vesicle from disk and continues the simulation where it was aborted (as specified in 'dump.bin').\n\n");
   fprintf(fd,"If 'tape' has different values than binary dump, those are used (if possible -- some values in tape, such as nshell cannot be modified).\n\n\n");
   fprintf(fd,"However, if dump.bin is not present, user is notified to specify --force-from-tape flag. The vesicle will be created from specifications in tape.\n\n\n");
   fprintf(fd,"Flags:\n\n");
   fprintf(fd,"--force-from-tape\t\t makes initial shape of the vesicle from tape. Ignores already existing binary dump and possible simulation results.\n");
   fprintf(fd,"--restore-from-vtk\t\t VTK's file ending with '.vtu' are preferred way to make state snapshots for restoration. With this flag the restoration of the vesicle from vtk is possible. The simulation will continue if hidden '.status' file with last iteration done is present. Otherwise it will start simulation from timestep 0.\n");
   fprintf(fd,"--reset-iteration-count\t\t starts simulation from the beginning (using binary dump).\n");
   fprintf(fd,"--tape (or -t)\t\t specifies tape filename. For --force-from-tape and restoring from binary dump. Defaults to 'tape'.\n");
   fprintf(fd,"--version (or -v)\t\t Prints version information.\n");
   fprintf(fd,"--output-file (or -o)\t\t Specifies filename of .PVD file. Defaults to 'output.pvd'\n");
   fprintf(fd,"--dump-filename (or -f)\t\t specifies filename for binary dump&restore. Defaults to 'dump.bin'\n\n\n");
   fprintf(fd,"Examples:\n\n");
   fprintf(fd,"trisurf --force-from-tape\n");
   fprintf(fd,"trisurf --reset-iteration-count\n");
   fprintf(fd,"trisurf --restore-from-vtk filename.vtu\n");
   fprintf(fd,"\n\n");

   return TS_SUCCESS;
}


@@ -820,7 +858,9 @@
      }
   }

   fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n <UnstructuredGrid>\n");
   fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n");
   xml_trisurf_data(fh,vesicle);
   fprintf(fh, " <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
      for(i=0;i<vlist->n;i++){
@@ -848,13 +888,13 @@

    fprintf(fh,"</DataArray>\n</PointData>\n<CellData>\n</CellData>\n<Points>\n<DataArray type=\"Float64\" Name=\"Koordinate tock\" NumberOfComponents=\"3\" format=\"ascii\">\n");
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%e %e %e\n",vtx[i]->x,vtx[i]->y, vtx[i]->z);
      fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n",vtx[i]->x,vtx[i]->y, vtx[i]->z);
   }
   //polymeres
   if(poly){
      for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
         for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
         }
      }
   }
@@ -862,7 +902,7 @@
   if(fil){
      for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n", vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
         }
      }
   }
@@ -993,6 +1033,20 @@


ts_tape *parsetape(char *filename){
   FILE *fd = fopen (filename, "r");
   long length;
   size_t size;
   fseek (fd, 0, SEEK_END);
     length = ftell (fd);
   fseek (fd, 0, SEEK_SET);
   size=fread (tapetxt, 1, length, fd);
   fclose(fd);
   if(size);
   ts_tape *tape=parsetapebuffer(tapetxt);
   return tape;
}

ts_tape *parsetapebuffer(char *buffer){
    ts_tape *tape=(ts_tape *)calloc(1,sizeof(ts_tape));
    tape->multiprocessing=calloc(255,sizeof(char));

@@ -1003,6 +1057,9 @@
   CFG_SIMPLE_INT("nfil",&tape->nfil),
   CFG_SIMPLE_INT("nfono",&tape->nfono),
   CFG_SIMPLE_INT("R_nucleus",&tape->R_nucleus),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusX",&tape->R_nucleusX),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusY",&tape->R_nucleusY),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusZ",&tape->R_nucleusZ),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &tape->dmax),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("dmin_interspecies", &tape->dmin_interspecies),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
@@ -1031,7 +1088,7 @@
    cfg_t *cfg;    
    ts_uint retval;
    cfg = cfg_init(opts, 0);
    retval=cfg_parse(cfg, filename);
    retval=cfg_parse_buf(cfg, buffer);
    if(retval==CFG_FILE_ERROR){
   fatal("No tape file.",100);
   }