Fix in number of spontaneous curvature vertices calculation

Samo Penic

2016-06-21 eb95833ea5316a0dcfff4e5144e6fd7bbbd261f2

 src/io.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "io.h"
@@ -450,18 +451,19 @@
           {"force-from-tape", no_argument,       &(command_line_args.force_from_tape), 1},
      {"reset-iteration-count", no_argument, &(command_line_args.reset_iteration_count), 1},
           {"tape",     no_argument,       0, 't'},
      {"version", no_argument, 0, 'v'},
           {"output-file",  required_argument, 0, 'o'},
           {"directory",  required_argument, 0, 'd'},
           {"dump-filename", required_argument,0, 'f'},
           {"tape-options",required_argument,0,'c'},
           {"tape-template", required_argument,0,0},
            {"dump-from-vtk",required_argument,0,0},
            {"restore-from-vtk",required_argument,0,0},
           {0, 0, 0, 0}
         };
       /* getopt_long stores the option index here. */
       int option_index = 0;

       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:c:",
       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:c:v",
                        long_options, &option_index);

       /* Detect the end of the options. */
@@ -482,10 +484,15 @@
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"tape-template")==0){
                strcpy(command_line_args.tape_templatefull,optarg);
            }
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"dump-from-vtk")==0){
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"restore-from-vtk")==0){
                strcpy(command_line_args.dump_from_vtk,optarg);
            }
           break;
    case 'v':
      fprintf(stdout,"TRISURF-NG v. %s, compiled on: %s %s.\n", TS_VERSION, __DATE__, __TIME__);
           fprintf(stdout,"Programming done by: Samo Penic and Miha Fosnaric\n");
           fprintf(stdout,"Released under terms of GPLv3\n");
      exit(0);

         case 'c':
              strcpy(command_line_args.tape_opts,optarg);
@@ -524,8 +531,8 @@

         case '?':
           /* getopt_long already printed an error message. */

            ts_fprintf(stderr,"\n\nhere comes the help.\n\n");
            print_help(stdout);
//ts_fprintf(stderr,"\n\nhere comes the help.\n\n");
            fatal("Ooops, read help first",1);
           break;

@@ -591,6 +598,32 @@
    free(buffer);
    return TS_SUCCESS;

}


ts_bool print_help(FILE *fd){
   fprintf(fd,"TRISURF-NG v. %s, compiled on: %s %s.\n", TS_VERSION, __DATE__, __TIME__);
   fprintf(fd,"Programming done by: Samo Penic and Miha Fosnaric\n");
   fprintf(fd,"Released under terms of GPLv3\n\n");

   fprintf(fd, "Invoking trisurf-ng without any flags results in default operation. Program reads 'tape' file and 'dump.bin' binary representation of the vesicle from disk and continues the simulation where it was aborted (as specified in 'dump.bin').\n\n");
   fprintf(fd,"If 'tape' has different values than binary dump, those are used (if possible -- some values in tape, such as nshell cannot be modified).\n\n\n");
   fprintf(fd,"However, if dump.bin is not present, user is notified to specify --force-from-tape flag. The vesicle will be created from specifications in tape.\n\n\n");
   fprintf(fd,"Flags:\n\n");
   fprintf(fd,"--force-from-tape\t\t makes initial shape of the vesicle from tape. Ignores already existing binary dump and possible simulation results.\n");
   fprintf(fd,"--restore-from-vtk\t\t VTK's file ending with '.vtu' are preferred way to make state snapshots for restoration. With this flag the restoration of the vesicle from vtk is possible. The simulation will continue if hidden '.status' file with last iteration done is present. Otherwise it will start simulation from timestep 0.\n");
   fprintf(fd,"--reset-iteration-count\t\t starts simulation from the beginning (using binary dump).\n");
   fprintf(fd,"--tape (or -t)\t\t specifies tape filename. For --force-from-tape and restoring from binary dump. Defaults to 'tape'.\n");
   fprintf(fd,"--version (or -v)\t\t Prints version information.\n");
   fprintf(fd,"--output-file (or -o)\t\t Specifies filename of .PVD file. Defaults to 'output.pvd'\n");
   fprintf(fd,"--dump-filename (or -f)\t\t specifies filename for binary dump&restore. Defaults to 'dump.bin'\n\n\n");
   fprintf(fd,"Examples:\n\n");
   fprintf(fd,"trisurf --force-from-tape\n");
   fprintf(fd,"trisurf --reset-iteration-count\n");
   fprintf(fd,"trisurf --restore-from-vtk filename.vtu\n");
   fprintf(fd,"\n\n");

   return TS_SUCCESS;
}


@@ -829,7 +862,7 @@
   xml_trisurf_data(fh,vesicle);
   fprintf(fh, " <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"vertices_idx\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"vertices_idx\" format=\"ascii\">");
      for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%u ",vtx[i]->idx);
    }
@@ -853,15 +886,72 @@
      }
   }

    fprintf(fh,"</DataArray>\n</PointData>\n<CellData>\n</CellData>\n<Points>\n<DataArray type=\"Float64\" Name=\"Koordinate tock\" NumberOfComponents=\"3\" format=\"ascii\">\n");
       fprintf(fh,"</DataArray>\n");
	
   //here comes additional data as needed. Currently only spontaneous curvature
   fprintf(fh,"<DataArray type=\"Float64\" Name=\"spontaneous_curvature\" format=\"ascii\">");
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%e %e %e\n",vtx[i]->x,vtx[i]->y, vtx[i]->z);
      fprintf(fh,"%.17e ",vtx[i]->c);
   }
      //polymeres
      if(poly){
         poly_idx=vlist->n;
         for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
               fprintf(fh,"%.17e ", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->c);
            }
         }
      }
      //filaments
      if(fil){
         poly_idx=vlist->n+monono*polyno;
         for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
      //   fprintf(stderr,"was here\n");
               fprintf(fh,"%.17e ",  vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->c);
            }
         }
      }
    fprintf(fh,"</DataArray>\n");

   //here comes additional data. Energy!
   fprintf(fh,"<DataArray type=\"Float64\" Name=\"bending_energy\" format=\"ascii\">");
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%.17e ",vtx[i]->energy*vtx[i]->xk);
   }
      //polymeres
      if(poly){
         poly_idx=vlist->n;
         for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
               fprintf(fh,"%.17e ", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->energy* vesicle->poly_list->poly[i]->k);
            }
         }
      }
      //filaments
      if(fil){
         poly_idx=vlist->n+monono*polyno;
         for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
      //   fprintf(stderr,"was here\n");
               fprintf(fh,"%.17e ",  vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->energy*  vesicle->filament_list->poly[i]->k);
            }
         }
      }
    fprintf(fh,"</DataArray>\n");



	
   fprintf(fh,"</PointData>\n<CellData>\n</CellData>\n<Points>\n<DataArray type=\"Float64\" Name=\"Koordinate tock\" NumberOfComponents=\"3\" format=\"ascii\">\n");
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n",vtx[i]->x,vtx[i]->y, vtx[i]->z);
   }
   //polymeres
   if(poly){
      for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
         for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
         }
      }
   }
@@ -869,7 +959,7 @@
   if(fil){
      for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            fprintf(fh,"%.17e %.17e %.17e\n", vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
         }
      }
   }
@@ -1024,6 +1114,9 @@
   CFG_SIMPLE_INT("nfil",&tape->nfil),
   CFG_SIMPLE_INT("nfono",&tape->nfono),
   CFG_SIMPLE_INT("R_nucleus",&tape->R_nucleus),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusX",&tape->R_nucleusX),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusY",&tape->R_nucleusY),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusZ",&tape->R_nucleusZ),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &tape->dmax),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("dmin_interspecies", &tape->dmin_interspecies),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
@@ -1047,6 +1140,9 @@
        CFG_SIMPLE_INT("cluster_nodes",&tape->brezveze1),
        CFG_SIMPLE_INT("distributed_processes",&tape->brezveze2),
   CFG_SIMPLE_INT("spherical_harmonics_coefficients",&tape->shc),
   CFG_SIMPLE_INT("number_of_vertices_with_c0", &tape->number_of_vertices_with_c0),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("c0",&tape->c0),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("w",&tape->w),
        CFG_END()
    };
    cfg_t *cfg;