First step in dump and restore. Grafted vtx still missing in the process

Samo Penic

2014-03-05 e9eab4fb2f72383a1a2adbe5f09f7bbd1fd45768

 src/vertex.c

@@ -23,6 +23,17 @@
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;

    /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
/*    for(i=0;i<l;i++){
        vlist->vtx[i]->Ylm[i]=(ts_double **)calloc(2*i+1,sizeof(ts_double *));
        for(j=0;j<(2*i+1);j++){
            clist->vtx[i]->Ylm[i][j]=(ts_double *)calloc(sizeof(ts_double));
        }
    }
*/


    }
    vlist->n=N;
   return vlist;
@@ -63,20 +74,23 @@
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
//      fprintf(stderr,"neigh_addr=%ld\n", (long)vtx->neigh[i]);
        if(vtx->neigh[i]!=nvtx){
            vtx->neigh[j]=vtx->neigh[i];
            j++;
        }
    }
//   fprintf(stderr,"remove_neighbour: vtx1_addr=%ld, vtx2_addr=%ld\n",(long)vtx,(long)nvtx);
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->neigh_no--;
    vtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(vtx->neigh == NULL && vtx->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

        fatal("(1) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
//fprintf(stderr,"first alloc");
/* repeat for the neighbour */
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
   j=0;
    for(i=0;i<nvtx->neigh_no;i++){
        if(nvtx->neigh[i]!=vtx){
            nvtx->neigh[j]=nvtx->neigh[i];
@@ -84,10 +98,12 @@
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming. */
//   fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    nvtx->neigh_no--;
    nvtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->neigh,nvtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
          nvtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->neigh,nvtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
//   fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    if(nvtx->neigh == NULL && nvtx->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
        fatal("(2) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -99,11 +115,14 @@
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->bond_no++;
    vtx2->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->bond, vtx1->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->bond, vtx2->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->bond[vtx1->bond_no-1]=bond;
    vtx2->bond[vtx2->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->ata->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -111,6 +130,7 @@
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1,vtx2);
  //  retval=vtx_add_neighbour(vtx2,vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS)
    retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
    return retval;
@@ -131,7 +151,6 @@
    if(vtx->neigh!=NULL)   free(vtx->neigh);
    if(vtx->tristar!=NULL) free(vtx->tristar);
    if(vtx->bond!=NULL)    free(vtx->bond);

    free(vtx);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -197,6 +216,57 @@
}


/* Insert neighbour is a function that is required in bondflip. It inserts a
 * neighbour exactly in the right place. */
inline ts_bool vtx_insert_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx, ts_vertex *vtxm){
//nvtx is a vertex that is to be inserted after vtxm!
        ts_uint i,j,midx;
        vtx->neigh_no++;
        if(vtxm==NULL ||  nvtx==NULL || vtx==NULL)
                fatal("vertex_insert_neighbour: one of pointers has been zero.. Cannot proceed.",3);
        //We need to reallocate space! The pointer *neight must be zero if not having neighbours jey (if neigh_no was 0 at thime of calling
        vtx->neigh=realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
        if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_insert_neighbour",3);
        }
        midx=0;
        for(i=0;i<vtx->neigh_no-1;i++) if(vtx->neigh[i]==vtxm) {midx=i; break;}
     //   fprintf(stderr,"midx=%d, vseh=%d\n",midx,vtx->neigh_no-2);
        if(midx==vtx->neigh_no-2) {
            vtx->neigh[vtx->neigh_no-1]=nvtx;
        } else {
            for(j=vtx->neigh_no-2;j>midx;j--) {
                vtx->neigh[j+1]=vtx->neigh[j];
//                vtx->bond_length[j+1]=vtx->bond_length[j];
//                vtx->bond_length_dual[j+1]=vtx->bond_length_dual[j];
            }
            vtx->neigh[midx+1]=nvtx;
        }
    return TS_SUCCESS;
}


/* vtx remove tristar is required in  bondflip. */
/* TODO: Check whether it is important to keep the numbering of tristar
 * elements in some order or not! */
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar){
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
        if(vtx->tristar[i]!=tristar){
            vtx->tristar[j]=vtx->tristar[i];
            j++;
        }
    }
    vtx->tristar_no--;
    vtx->tristar=realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_add_neighbour",3);
        }
    return TS_SUCCESS;
}



/* ****************************************************************** */
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */