Many fixes, before changing bondflip. triangles are still calculated in ts_...

mihaf

2014-03-07 e86357faa6caf28f5032c624fa0cba24e5dc4686

 src/bond.c

@@ -10,21 +10,25 @@
}

ts_bond  *bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    
    ts_uint i;
    /* no vertices must be null! */
    if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return NULL;
    /* TODO: Verify if the bond already exists... Don't do multiple bonds */
    /* Verify if the bond already exists... Don't do multiple bonds */
    for(i=0;i<blist->n;i++){
       if((blist->bond[i]->vtx1==vtx1 || blist->bond[i]->vtx1==vtx2)
        &&(blist->bond[i]->vtx2==vtx1 || blist->bond[i]->vtx2==vtx2))
        return blist->bond[i];
    }
   blist->n++;
   blist->bond=(ts_bond **)realloc(blist->bond,blist->n*sizeof(ts_bond *));
   if(blist->bond==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional **ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
    if(blist->bond[blist->n-1]==NULL) fatal("Cannot allocate memory for additional *ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]->data=(ts_bond_data *)malloc(sizeof(ts_bond_data));
    
   //NOW insert vertices into data!   
   blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx1=vtx1;	
   blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx2=vtx2;

   blist->bond[blist->n - 1]->vtx1=vtx1;	
   blist->bond[blist->n - 1]->vtx2=vtx2;
   blist->bond[blist->n - 1]->tainted=0;
    //Should we calculate bond length NOW?
   
   return blist->bond[blist->n-1];
@@ -33,7 +37,6 @@
ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist){
    ts_uint i;
    for(i=0;i<blist->n;i++){
    free(blist->bond[i]->data);
    free(blist->bond[i]);
    }
    free(blist->bond);