Started with arg parsing

Samo Penic

2014-03-06 083e03adeaf985c9da1ed31d259ced9bb54c207c

 src/poly.c

@@ -4,7 +4,17 @@
#include"vertex.h"
#include"bond.h"
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    vesicle->poly_list->poly[i]->k = vesicle->spring_constant;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}

ts_poly   *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
   ts_poly   *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
@@ -19,6 +29,11 @@
      vtx_add_neighbour(poly->vlist->vtx[i+1], poly->vlist->vtx[i]);
   }

   for(i=0;i<poly->blist->n;i++){
   poly->blist->bond[i]->bond_length=sqrt(vtx_distance_sq(poly->blist->bond[i]->vtx1,poly->blist->bond[i]->vtx2));
   bond_energy(poly->blist->bond[i],poly);
   }

   return poly;
}

@@ -26,7 +41,7 @@
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
   ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
   poly_list->poly   = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
   ts_uint i=0,j=0, idx;
   ts_uint i=0,j=0; //idx;
   ts_uint gvtxi;
   ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;

@@ -66,7 +81,7 @@
   }

      //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
   idx=vlist->n;
/*   idx=vlist->n;
   for(i=0;i<n_poly;i++){
      for(j=0;j<n_mono;j++,idx++){

@@ -74,7 +89,7 @@

      }
   }

*/

   return poly_list;
}