Started with arg parsing

Samo Penic

2014-03-06 083e03adeaf985c9da1ed31d259ced9bb54c207c

 src/poly.c

@@ -1,3 +1,21 @@
#include"general.h"
#include"poly.h"
#include<stdlib.h>
#include"vertex.h"
#include"bond.h"
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    vesicle->poly_list->poly[i]->k = vesicle->spring_constant;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}

ts_poly   *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
   ts_poly   *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
   poly->vlist = init_vertex_list(n);
@@ -6,31 +24,97 @@
   grafted_vtx->grafted_poly = poly;

   ts_uint i;
   for(i=0,i<n-1,i++){
   for(i=0;i<n-1;i++){
      vtx_add_cneighbour(poly->blist, poly->vlist->vtx[i], poly->vlist->vtx[i+1]);
      vtx_add_neighbour(poly->vlist->vtx[i+1], poly->vlist->vtx[i]);
   }

   for(i=0;i<poly->blist->n;i++){
   poly->blist->bond[i]->bond_length=sqrt(vtx_distance_sq(poly->blist->bond[i]->vtx1,poly->blist->bond[i]->vtx2));
   bond_energy(poly->blist->bond[i],poly);
   }

   return poly;
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
   ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
   poly_list->poly   = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
   ts_uint i=0,j=0; //idx;
   ts_uint gvtxi;
   ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;

   if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
   
   ts_uint i=0;
   ts_uint gvtxi;
   while(i<n_poly){
      gvtxi = rand() % vlist->n
      gvtxi = rand() % vlist->n;
      if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
      poly_list->poly = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
      poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
      i++;
      }
   }
   
   poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
   for (i=0;i<poly_list->n;i++){

      xnorm=0.0;
      ynorm=0.0;
      znorm=0.0;
      for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
         xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
         ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
         znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
      }
      normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
      xnorm=xnorm/normlength;
      ynorm=ynorm/normlength;
      znorm=znorm/normlength;

      for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
      }
   }

      //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
/*   idx=vlist->n;
   for(i=0;i<n_poly;i++){
      for(j=0;j<n_mono;j++,idx++){

         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->idx=idx;

      }
   }
*/

   return poly_list;
}


ts_bool poly_free(ts_poly *poly){

   if (poly->grafted_vtx!=NULL){
      poly->grafted_vtx->grafted_poly=NULL;
   }
   vtx_list_free(poly->vlist);
   bond_list_free(poly->blist);
   free(poly);

   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<poly_list->n;i++){
      poly_free(poly_list->poly[i]);
   }
   free(poly_list->poly);
   free(poly_list);
	
   return TS_SUCCESS;
}