Started with arg parsing

Samo Penic

2014-03-06 083e03adeaf985c9da1ed31d259ced9bb54c207c

 src/general.h

@@ -8,10 +8,11 @@
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
  * @date 5.3.2001
  *
  * 
  * Header file for general inclusion in all the code, defining data structures
  * and general constans. All datatypes used in the code is also defined here.
  *
  * Miha: branch trisurf-polyel
  */

/* Defines */
@@ -125,8 +126,6 @@
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;



/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
@@ -151,10 +150,10 @@
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
        ts_double **Ylm;
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   struct ts_poly *grafted_poly;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -165,11 +164,13 @@
} ts_vertex_list;

struct ts_bond {
    ts_uint idx;
       ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted;
   ts_double energy;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -188,6 +189,7 @@
   ts_double ynorm;
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

@@ -216,10 +218,30 @@

typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_uint i;
    ts_double **ulm;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;
} ts_spharm;



struct ts_poly {
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_vertex *grafted_vtx;
   ts_double k;
};
typedef struct ts_poly ts_poly;


struct ts_poly_list {
   ts_uint   n;
   ts_poly **poly;
};
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;




@@ -227,14 +249,17 @@
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_triangle_list *tlist;
    ts_cell_list *clist;
   ts_cell_list *clist;
   ts_uint nshell;
    ts_double bending_rigidity;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
   ts_double bending_rigidity;
   ts_double dmax;
   ts_double stepsize;
      ts_double cm[3];
   ts_double volume;
   ts_spharm *sphHarmonics;

   ts_poly_list *poly_list;
   ts_double spring_constant;
} ts_vesicle;