Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-05-17 d665c0b94c289f6c34597af3010d6b9b38a08ac4
python/trisurf/trisurf.py
@@ -199,13 +199,18 @@
      Internal method for determining the number of the lines in the most efficient way. Is it really the most efficient?
      '''
      f = open(self.fullname, "r+")
      buf = mmap.mmap(f.fileno(), 0)
      lines = 0
      readline = buf.readline
      while readline():
         lines += 1
      try:
         buf = mmap.mmap(f.fileno(), 0)
         lines = 0
         readline = buf.readline
         while readline():
            lines += 1
         f.close()
      except:
         lines=0
         f.close()
      return lines
   def read(self):
      '''
      Method read() reads the statistics if it exists. It sets local variable dT storing the time differential between two intervals of simulation (outer loops). It also stores last simulation loop and the start of the run.
@@ -287,7 +292,7 @@
      version=root.find('trisurfversion')
      self.tape=Tape()
      self.tape.setTape(tapetxt.text)
   def getPID(self):
      self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
      #self.Dir.makeifnotexist()
@@ -324,8 +329,15 @@
         return TS_NOLOCK
      if(psutil.pid_exists(int(pid))):
         proc= psutil.Process(int(pid))
         if proc.name=="trisurf":
            if proc.status=="stopped":
         #psutil.__version__ == '3.4.2' requires name() and status(), some older versions reguire name, status
         if(psutil.__version__>='2.0.0'):
            procname=proc.name()
            procstat=proc.status()
         else:
            procname=proc.name
            procstat=proc.status
         if procname=="trisurf":
            if procstat=="stopped":
               return TS_STOPPED
            else:
               return TS_RUNNING
@@ -352,7 +364,7 @@
            else:
               try:
                  with open (os.path.join(self.Dir.fullpath(),"tape"), "w") as myfile:
                     myfile.write("#This is automatically generated tape file from snapshot\n")
                     myfile.write("#This is automatically generated tape file from snapshot")
                     myfile.write(str(self.tape))
               except:
                  print("Error -- cannot make tapefile  "+ os.path.join(self.Dir.fullpath(),"tape")+" from the snapshot in the running directory")
@@ -364,12 +376,12 @@
      
         #check if the simulation has been completed. in this case notify user and stop executing.
         if(self.isCompleted() and ("--force-from-tape" not in self.runArgs) and ("--reset-iteration-count" not in self.runArgs)):
            print("The simulation was completed. Not starting executable at localhost in "+self.Dir.fullpath()+"\n")
            print("The simulation was completed. Not starting executable in "+self.Dir.fullpath())
            return
         cwd=Directory(maindir=os.getcwd())
         self.Dir.goto()
         print("Starting trisurf-ng executable at localhost in "+self.Dir.fullpath()+"\n")
         print("Starting trisurf-ng executable in "+self.Dir.fullpath())
         if(self.fromSnapshot==True):
            params=["trisurf", "--restore-from-vtk",self.snapshotFile]+self.runArgs
         else:
@@ -380,7 +392,7 @@
         subprocess.Popen (params, stdout=subprocess.DEVNULL)
         cwd.goto()
      else:
         print("Process already running. Not starting\n")
         print("Process in "+self.Dir.fullpath()+" already running. Not starting.")
      return
   def stop(self):