Another fix. still not working if we have inititer.

Samo Penic

2016-07-07 d6583ebf40c9e99bfbec3652f8ef8639160f5fb6

 python/trisurf/trisurf.py

@@ -1,10 +1,8 @@
#!/usr/bin/python3

import configobj
import xml.etree.ElementTree as ET
import base64
import zlib
import io
import sys,io
import os
from itertools import islice
import mmap
@@ -12,63 +10,98 @@
import psutil
import time
import datetime
import subprocess
import shutil

'''
This is a trisurf instance manager written in python


Invoke with:
tsmgr [-t tape | -r snapshot.vtu] [-s subdirectory]

If tape is specified, the trisurf wilt start from tape with initial distribution, if snapshot is specified the trisurf will be restored from given snapshot file and simulation will continue.

'''
# Process status
TS_NOLOCK=0 # lock file does not exist
TS_NONEXISTANT=0 # process is not in the list of processes
TS_STOPPED=1 # the process is listed, but is in stopped state
TS_RUNNING=2 # process is running
TS_COMPLETED=3 #simulation is completed

class FileContent:
   '''
   Class is helpful for reading and writting the specific files.
   '''
   def __init__(self,filename):
      ''' The instance is done by calling constructor FileContent(filename)

      The object then reads filename if it exists, otherwise the data is empty string.
      User may force to reread file by calling the readline() method of the class.

      Filename is stored in local variable for future file operations.
      '''

      self.filename=filename
      self.data=""
      self.readfile()

   def readfile(self):
      '''Force reread of the file and setting the data'''
      self.data=""
      try:
         with open (self.filename, "r") as myfile:
            self.data=myfile.read().replace('\n', '')
            self.data=myfile.read().replace('\n', '') #read the file and remove newline from the text
      except:
         pass
         pass # does nothing if error occurs


   def writefile(self, data, mode='w'):
      '''File may be updated by completely rewritting the file contents or appending the data to the end of the file.
      this is achieved by calling writefile(data, mode) method, where data is the string data to be written and
      mode can be 'a' for append and 'w' for writting the file anew.
      '''
      with open (self.filename, mode) as myfile:
         myfile.write(data)

   def getText(self):
      '''
      Method getText() or calling the object itself returns string of data
      '''
      return self.data

   def __str__(self):
      '''
      Method getText() or calling the object itself returns string of data
      '''
      return self.getText()

class Tape:
   '''Has all the info on the tape'''
   '''
   Special class that manages configuration of trisurf (commonly named tape). It can read and parse configuration from disk or parse it from string.
   '''

   def __init__(self):
      '''The object is instatiated by calling Tape() constructor without parameters'''
      return

   def readTape(self, tape='tape'):
      '''
      Tape is read and parsed by calling the readTape() method with optional tape parameter, which is full path to filename where the configuration is stored.
      If the tape cannot be read, it prints error and exits.
      '''
      try:
         self.config=configobj.ConfigObj(tape)
         with open (tape, "r") as myfile:
            self.rawText=myfile.read() #read the file

      except:
         print("Error reading or parsing tape file!\n")
         exit(1)

   def setTape(self, string):
      '''Method setTape(string) parses the string in memory that hold the tape contents.'''
      self.config=configobj.ConfigObj(io.StringIO(string))
      self.rawText=string
      return

   def getValue(self,key):
      '''Method getValue(key) returns value of a single parsed setting named "key".'''

      return self.config[key]

   def __str__(self):
      '''Calling the object itself, it recreates the tape contents from parsed values in form of key=value.'''
      retval=""
      for key,val in self.config.iteritems():
         retval=retval+str(key)+" = "+str(val)+"\n"
@@ -77,22 +110,31 @@


class Directory:
   '''
   Class deals with the paths where the simulation is run and data is stored.
   '''
   def __init__(self, maindir=".", simdir=""):
      '''Initialization Directory() takes two optional parameters, namely maindir and simdir. Defaults to current directory. It sets local variables maindir and simdir accordingly.'''
      self.maindir=maindir
      self.simdir=simdir
      return

   def fullpath(self):
      '''
      Method returns string of path where the data is stored. It combines values of maindir and simdir as maindir/simdir on Unix.
      '''
      return os.path.join(self.maindir,self.simdir)

   def exists(self):
      ''' Method checks whether the directory  specified by fullpath() exists. It return True/False on completion.'''
      path=self.fullpath()
      if(os.path.exists(path)):
         return 1
         return True
      else:
         return 0
         return False

   def make(self):
      ''' Method make() creates directory. If it fails it exits the program with error message.'''
      try:
         os.makedirs(self.fullpath())
      except:
@@ -101,11 +143,15 @@
      return

   def makeifnotexist(self):
      '''Method makeifnotexist() creates directory if it does not exist.'''
      if(self.exists()==0):
         self.make()
      return
         return True
      else:
         return False

   def remove(self):
      '''Method remove() removes directory recursively. WARNING! No questions asked.'''
      if(self.exists()):
         try:
            os.rmdir(self.fullpath())
@@ -115,6 +161,9 @@
      return

   def goto(self):
      '''
      Method goto() moves current directory to the one specified by fullpath(). WARNING: when using the relative paths, do not call this function multiple times.
      '''
      try:
         os.chdir(self.fullpath())
      except:
@@ -123,7 +172,17 @@


class Statistics:
   '''
   Class that deals with the statistics file from the simulations.
   File is generally large and not all data is needed, so it is dealt with in a specific way.
   '''

   def __init__(self,path,filename="statistics.csv"):
      '''
      At the initialization call it receives optional filename parameter specifying the path and filename of the statistics file.

      The local variables path, filename, fullname (joined path and filename) and private check if the file exists are stored.
      '''
      self.path=path
      self.filename=filename
      self.fullname=os.path.join(path,filename)
@@ -131,23 +190,73 @@
      return

   def exists(self):
      '''Method check if the statistics file exists.'''
      if(os.path.isfile(self.fullname)):
         return True
      else:
         return False

   def mapcount(self):
      '''
      Internal method for determining the number of the lines in the most efficient way. Is it really the most efficient?
      '''
      f = open(self.fullname, "r+")
      buf = mmap.mmap(f.fileno(), 0)
      lines = 0
      readline = buf.readline
      while readline():
         lines += 1
      try:
         buf = mmap.mmap(f.fileno(), 0)
         lines = 0
         readline = buf.readline
         while readline():
            lines += 1
         f.close()
      except:
         lines=0
         f.close()
      return lines

   def tail(self,filename,n=2):
      with open(filename,'r') as myfile:
         lines=myfile.readlines()
      return [lines[len(lines)-2].replace('\n',''),lines[len(lines)-1].replace('\n','')]

   def read(self):
      try:
         lines=self.tail(self.fullname)
      except:
         return(False)
      if len(lines)<2:
         return(False)
      #print (line)
      fields=shlex.split(lines[0])
      epoch1=fields[0]
      n1=fields[1]
		
      fields=shlex.split(lines[1])
      epoch2=fields[0]
      n2=fields[1]
      try:
         self.dT=int(epoch2)-int(epoch1)
         self.last=n2
         #print(epoch1)
         #print(epoch2)
         #print(self.dT)
         #print(self.last)
         self.startDate=os.path.getmtime(os.path.join(self.path,'.lock'))
      except:
         return(False)
      return(True)

   def read_old(self):
      '''
      Method read() reads the statistics if it exists. It sets local variable dT storing the time differential between two intervals of simulation (outer loops). It also stores last simulation loop and the start of the run.
      '''
      if(self.exists()):
      #   epoch1=0
      #   epoch2=0
      #   n1=0
      #   n2=0
         nlines=self.mapcount()
         if nlines<2:
            return(False)
         try:
            with open(self.fullname, "r+") as fin:
               i=0;
@@ -168,26 +277,33 @@
      else:
         #print("File "+self.fullname+" does not exists.\n")
         return(False)

      self.dT=(int(epoch2)-int(epoch1))/(int(n2)-int(n1))
      try:
         self.dT=(int(epoch2)-int(epoch1))/(int(n2)-int(n1))
      except:
         self.dT=0
      self.last=n2
      self.startDate=epoch1
      return(True)

   def __str__(self):
      '''
      Prints the full path with filename of the statistics.csv file
      '''
      return(str(self.fullname))



class Runner:
   '''
   Class Runner consists of a single running or terminated instance of the trisurf
   Class Runner consists of a single running or terminated instance of the trisurf. It manages starting, stopping, verifying the running process and printing the reports of the configured instances.
   '''
   def __init__(self, subdir='run0', tape='', snapshot=''):
   def __init__(self, subdir='run0', tape=None, snapshot=None, runArgs=[]):
      self.subdir=subdir
      if(tape!=''):
      self.runArgs=runArgs
      self.fromSnapshot=False
      if(tape!=None):
         self.initFromTape(tape)
      if(snapshot!=''):
      if(snapshot!=None):
         self.initFromSnapshot(snapshot)
      return

@@ -195,6 +311,7 @@
   def initFromTape(self, tape):
      self.tape=Tape()
      self.tape.readTape(tape)
      self.tapeFile=tape

   def initFromSnapshot(self, snapshotfile):
      try:
@@ -202,7 +319,8 @@
      except:
         print("Error reading snapshot file")
         exit(1)

      self.fromSnapshot=True
      self.snapshotFile=snapshotfile
      root = tree.getroot()
      tapetxt=root.find('tape')
      version=root.find('trisurfversion')
@@ -211,45 +329,122 @@

   def getPID(self):
      self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
      self.Dir.makeifnotexist()
      #self.Dir.makeifnotexist()
      try:
         fp = open(os.path.join(self.Dir.fullpath(),'.lock'))
      except IOError as e:
         return 0 #file probably does not exist. e==2??
      pid=fp.readline()
      fp.close()
      return pid
      return int(pid)

   def getLastIteration(self):
      self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
      #self.Dir.makeifnotexist()
      try:
         fp = open(os.path.join(self.Dir.fullpath(),'.status'))
      except IOError as e:
         return -1 #file probably does not exist. e==2??
      status=fp.readline()
      fp.close()
      return int(status)

   def isCompleted(self):
      if int(self.tape.getValue("iterations"))+int(self.tape.getValue("inititer"))==self.getLastIteration()+1:
         return True
      else:
         return False

   def getStatus(self):
      pid=self.getPID()
      if(self.isCompleted()):
         return TS_COMPLETED
      if(pid==0):
         return 0
         return TS_NOLOCK
      if(psutil.pid_exists(int(pid))):
         if psutil.Process(int(pid)).name=="trisurf":
            return 1
         proc= psutil.Process(int(pid))
         #psutil.__version__ == '3.4.2' requires name() and status(), some older versions reguire name, status
         if(psutil.__version__>='2.0.0'):
            procname=proc.name()
            procstat=proc.status()
         else:
            return 0
            procname=proc.name
            procstat=proc.status
         if procname=="trisurf":
            if procstat=="stopped":
               return TS_STOPPED
            else:
               return TS_RUNNING
         else:
            return TS_NONEXISTANT
      else:
         return 0
         return TS_NONEXISTANT

   def start(self):
      if(self.getStatus()==0):
      if(self.getStatus()==0 or self.getStatus()==TS_COMPLETED):
         #check if executable exists
         if(shutil.which('trisurf')==None):
            print("Error. Trisurf executable not found in PATH. Please install trisurf prior to running trisurf manager.")
            exit(1)
         self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
         self.Dir.makeifnotexist()
#         self.Dir.goto()
         print("Starting trisurf-ng executable at "+self.Dir.fullpath()+"\n")
#Symlinks tape file to the directory or create tape file from snapshot in the direcory...
         if(self.Dir.makeifnotexist()):
            if(self.fromSnapshot==False):
               try:
                  os.symlink(os.path.abspath(self.tapeFile), self.Dir.fullpath()+"/tape")
               except:
                  print("Error while symlinking "+os.path.abspath(self.tapeFile)+" to "+self.Dir.fullpath()+"/tape")
                  exit(1)
            else:
               try:
                  with open (os.path.join(self.Dir.fullpath(),"tape"), "w") as myfile:
                     #myfile.write("#This is automatically generated tape file from snapshot")
                     myfile.write(str(self.tape.rawText))
               except:
                  print("Error -- cannot make tapefile  "+ os.path.join(self.Dir.fullpath(),"tape")+" from the snapshot in the running directory")
                  exit(1)
               try:
                  os.symlink(os.path.abspath(self.snapshotFile), os.path.join(self.Dir.fullpath(),"initial_snapshot.vtu"))
               except:
                  print("Error while symlinking "+os.path.abspath(self.snapshotFile)+" to "+os.path.join(self.Dir.fullpath(),self.snapshotFile))
		
         #check if the simulation has been completed. in this case notify user and stop executing.
         if(self.isCompleted() and ("--force-from-tape" not in self.runArgs) and ("--reset-iteration-count" not in self.runArgs)):
            print("The simulation was completed. Not starting executable in "+self.Dir.fullpath())
            return

         cwd=Directory(maindir=os.getcwd())
         lastVTU=self.getLastVTU() #we get last VTU file in case we need to continue the simulation from last snapshot. Need to be done before the Dir.goto() call.
         self.Dir.goto()
         print("Starting trisurf-ng executable in "+self.Dir.fullpath())
         if(self.fromSnapshot==True):
            #here we try to determine whether we should continue the simulation or start from last known VTU snapshot.
            if(lastVTU==None):
               initSnap="initial_snapshot.vtu"
            else:
               initSnap=lastVTU
               print("WARNING: Not using initial snapshot as starting point, but selecting "+initSnap+" as a starting vesicle")
            params=["trisurf", "--restore-from-vtk",initSnap]+self.runArgs
            print("InitSnap is: "+initSnap)
         else:
            #veify if dump exists. If not it is a first run and shoud be run with --force-from-tape
            if(os.path.isfile("dump.bin")==False):
               self.runArgs.append("--force-from-tape")
            params=["trisurf"]+self.runArgs
         subprocess.Popen (params, stdout=subprocess.DEVNULL)
         cwd.goto()
      else:
         print("Process already running. Not starting\n")
         print("Process in "+self.Dir.fullpath()+" already running. Not starting.")
      return

   def stop(self):
      pass

   def setMaindir(self,prefix,variables):
      maindir="./"
      maindir=""
      for p,v in zip(prefix,variables):
         if(v=="xk0"):
            tv=str(round(float(self.tape.config[v])))
            if sys.version_info<(3,0):
               tv=str(int(float(self.tape.config[v])))
         else:
            tv=self.tape.config[v]
         maindir=maindir+p+tv
@@ -264,24 +459,47 @@
      self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
      self.statistics=Statistics(self.Dir.fullpath(), statfile)
      self.Comment=FileContent(os.path.join(self.Dir.fullpath(),".comment"))
      pid=self.getPID();
      if(self.getStatus()):
         statustxt="Running"
      else:
         statustxt="Stopped"
      pid=self.getPID()
      status=self.getStatus()
      if(self.statistics.fileOK):
         ETA=str(datetime.timedelta(microseconds=(int(self.tape.config['iterations'])-int(self.statistics.last))*self.statistics.dT)*1000000)
      if(status==TS_NONEXISTANT or status==TS_NOLOCK):
         statustxt="Not running"
         pid=""
         ETA=""
      elif status==TS_STOPPED:
         statustxt="Stopped"
         ETA="N/A"
      elif status==TS_COMPLETED:
         statustxt="Completed"
         pid=""
         ETA=""
      else:
         statustxt="Running"

      if(self.statistics.fileOK):
#         report=time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S', time.localtime(int(self.statistics.startDate)))+"\t"+str(datetime.timedelta(microseconds=(int(self.tape.config['iterations'])-int(self.statistics.last))*self.statistics.dT)*1000)+" ETA\t"+"STATUS"
         report=[time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S', time.localtime(int(self.statistics.startDate))),str(datetime.timedelta(microseconds=(int(self.tape.config['iterations'])-int(self.statistics.last))*self.statistics.dT)*1000), statustxt, pid, str(self.Dir.fullpath()), self.Comment.getText()]
         report=[time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S', time.localtime(int(self.statistics.startDate))),ETA, statustxt, pid, str(self.Dir.fullpath()), self.Comment.getText()]
      else:
         report=["N/A","N/A\t",statustxt, pid, str(self.Dir.fullpath()), self.Comment.getText()]
         report=["N/A","N/A",statustxt, pid, str(self.Dir.fullpath()), self.Comment.getText()]
      return report

   def writeComment(self, data):

   def stop(self):
      p=psutil.Process(self.getPID())
      p.kill()

   def writeComment(self, data, mode='w'):
      self.Dir=Directory(maindir=self.maindir,simdir=self.subdir)
      self.Comment=FileContent(os.path.join(self.Dir.fullpath(),".comment"))
      self.Comment.writefile(data,mode='w')
      self.Comment.writefile(data,mode=mode)


   def getLastVTU(self):
      vtuidx=self.getLastIteration() #-int(self.tape.getValue("inititer"))+1
      if vtuidx<0:
         return None
      else:
         return  'timestep_{:06d}.vtu'.format(vtuidx)

   def __str__(self):
      if(self.getStatus()==0):