Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2019-09-25 d5d78a49c6b51fb1f6f0661d063034eaf65e02f7
src/tape
@@ -23,15 +23,20 @@
#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=0
#Stretching
stretchswitch=1
xkA0=1.0
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=400
npoly=10
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=20
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1
internal_poly=0
####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
@@ -48,9 +53,9 @@
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
nxmax=100
nymax=100
nzmax=100
####### Program Control ############
@@ -59,7 +64,7 @@
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=1
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
@@ -84,3 +89,22 @@
#max number of processes in distributed (voluntary) environment
distributed_processes=50
#cuda options???
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0
#plane confinement
plane_confinement_switch=1
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=10