Merge branch 'master' into plugins

Samo Penic

2019-02-27 d2f3609e9ecec5ec8dc02a992a6ec98e28ca9c6d

 src/general.h

@@ -195,11 +195,13 @@
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
   ts_double energy;
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
   ts_double a0;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
@@ -273,6 +275,8 @@
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
   long int stretchswitch;
   ts_double xkA0;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
@@ -300,6 +304,37 @@
} ts_tape;


/* plugins */
typedef struct {
   void (*at_start)(void);
   void (*after_vesicle_init)(void *vesicle);
   ts_bool (*vm_hard_constraint)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *odl_vtx);
   ts_double (*vm_energy_before)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_accepted)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_rejected)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   void (*cleanup)(void);
} ts_plugin_function;

typedef struct {
   ts_char *name;
   ts_char *description;
   ts_char *author;
} ts_plugin_details;

typedef struct {
   ts_plugin_details *details;
   ts_plugin_function *function;
   ts_char *filename;
   void *libhandle;
} ts_plugin;

typedef struct {
   ts_uint n;
   ts_plugin **plugin;
} ts_plugin_list;

/* end plugins */


typedef struct {
@@ -330,6 +365,7 @@
   ts_double nucleus_center[3];
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
   ts_plugin_list plist;
} ts_vesicle;