Merge branch 'master' into plugins

Samo Penic

2019-02-27 d2f3609e9ecec5ec8dc02a992a6ec98e28ca9c6d

 src/general.h

@@ -201,6 +201,7 @@

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
   ts_double a0;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
@@ -251,6 +252,11 @@
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;


typedef struct{
   ts_float z_max;
   ts_float z_min;
   ts_int force_switch;
} ts_confinement_plane;

typedef struct {
   long int nshell;
@@ -292,9 +298,43 @@
   ts_double c0;
   ts_double w;
   ts_double F;
   long int plane_confinement_switch;
   ts_double plane_d;
   ts_double plane_F;
} ts_tape;


/* plugins */
typedef struct {
   void (*at_start)(void);
   void (*after_vesicle_init)(void *vesicle);
   ts_bool (*vm_hard_constraint)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *odl_vtx);
   ts_double (*vm_energy_before)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_accepted)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_rejected)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   void (*cleanup)(void);
} ts_plugin_function;

typedef struct {
   ts_char *name;
   ts_char *description;
   ts_char *author;
} ts_plugin_details;

typedef struct {
   ts_plugin_details *details;
   ts_plugin_function *function;
   ts_char *filename;
   void *libhandle;
} ts_plugin;

typedef struct {
   ts_uint n;
   ts_plugin **plugin;
} ts_plugin_list;

/* end plugins */


typedef struct {
@@ -317,13 +357,15 @@
   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;
    ts_tape *tape;
    ts_tape *tape;
   ts_double R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   ts_double nucleus_center[3];
    ts_double area;
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
   ts_plugin_list plist;
} ts_vesicle;