Merge branch 'master' into plugins

Samo Penic

2019-02-27 d2f3609e9ecec5ec8dc02a992a6ec98e28ca9c6d

 src/cluster.c

@@ -39,12 +39,14 @@
   
   for(i=0;i<cstlist->n;i++){
      if(cstlist->cluster[i]==NULL){
         if(i>=n) break;
         //printf("Have to do compacting n=%d\n ",n);
         do{
            n--;
         } while(cstlist->cluster[n]==NULL && n>i);
         if(i<=n) break;
         cstlist->cluster[i]=cstlist->cluster[n];
         cstlist->cluster[n]=NULL;
         //printf("After compacting n=%d\n",n);
      }
   }
   cstlist->cluster=(ts_cluster **)realloc(cstlist->cluster,n*sizeof(ts_cluster *));
@@ -53,7 +55,7 @@
}


ts_bool cluster_join(ts_cluster *cluster1, ts_cluster *cluster2){
ts_bool cluster_join(ts_cluster_list *cstlist, ts_cluster *cluster1, ts_cluster *cluster2){
   ts_cluster *master_cluster,*slave_cluster;
   ts_uint i;
   if(cluster1->idx<cluster2->idx){
@@ -66,8 +68,13 @@
   for(i=0;i<slave_cluster->nvtx;i++){
      cluster_add_vertex(master_cluster,slave_cluster->vtx[i]);
   }
   cluster_free(slave_cluster);
   slave_cluster=NULL;
   //find cluster in the list and free the location of the cluster
   for(i=0;i<cstlist->n;i++){
      if(cstlist->cluster[i]==slave_cluster){
         cluster_free(slave_cluster);
         cstlist->cluster[i]=NULL;
      }
   }
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -95,8 +102,12 @@

/* This is a stub function. User should check whether the vertex is clustering or not. */
ts_bool is_clusterable(ts_vertex *vtx){

return 1;
   if(fabs(vtx->c)>1e-15){
      return 1;
   }
   else {
      return 0;
   }
}


@@ -109,13 +120,13 @@
   return NULL;
}

ts_bool cluster_vertex_neighbor_check(ts_vertex *vtx){
ts_bool cluster_vertex_neighbor_check(ts_cluster_list *cstlist, ts_vertex *vtx){

   int j;
   for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
      if(vtx->neigh[j]->cluster!=NULL){
         if(vtx->neigh[j]->cluster!=vtx->cluster){
            cluster_join(vtx->cluster, vtx->neigh[j]->cluster);
            cluster_join(cstlist, vtx->cluster, vtx->neigh[j]->cluster);
         }
      }
   }
@@ -132,7 +143,7 @@
   //for each vertex
      vtx=vesicle->vlist->vtx[i];
      if(is_clusterable(vtx)){
         if(vtx->cluster!=NULL){
         if(vtx->cluster==NULL){
            //find first neigbor with cluster index
            cst=cluster_vertex_neighbor(vtx);
            if(cst==NULL){
@@ -142,7 +153,7 @@
            } else {
               //we are added to the first cluster found
               cluster_add_vertex(cst,vtx);
               cluster_vertex_neighbor_check(vtx);
               cluster_vertex_neighbor_check(cstlist, vtx);
               cluster_list_compact(cstlist);
            }