Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2015-10-06 6c3bb91fea92c5013507bdf4f5ac49e889e213ff
src/tape
@@ -4,7 +4,7 @@
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
# max step size (in units l_min)
@@ -12,9 +12,14 @@
# Pressure calculations
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 1
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=-2.0
pressure=0.0
#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable)
constvolswitch=0
constvolprecision=1e-14
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
@@ -26,15 +31,15 @@
####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=1
nfil=0
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=100
xi=0
####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
R_nucleus=5
R_nucleus=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
@@ -44,13 +49,17 @@
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=100
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=20
iterations=100
###### Spherical harmonics ###########
# If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
spherical_harmonics_coefficients=21
#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false