Plugin chains to speed up running of plugins, part 1.

Samo Penic

2019-02-28 ca9f26089df29fec5995ed4f19a06c29f7f4b12e

 src/bondflip.c

@@ -176,7 +176,6 @@
/*    vesicle_volume(vesicle);
    fprintf(stderr,"Volume in the beginning=%1.16e\n", vesicle->volume);
*/

/* fix data structure for flipped bond */
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1, vesicle->tape->w);

@@ -189,6 +188,12 @@
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
  delta_energy+=bond->energy; /* attraction with neighboring vertices, that have spontaneous curvature */
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.
   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
      oldenergy+=lm->energy+lp->energy;
      stretchenergy(vesicle,lm);
      stretchenergy(vesicle,lp);
      delta_energy+=lm->energy+lp->energy;
   }

    delta_energy-=oldenergy;
   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch>0){
@@ -334,6 +339,10 @@
//      fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");
//    vesicle_volume(vesicle);
//    fprintf(stderr,"Volume after fail=%1.16e\n", vesicle->volume);
   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
      stretchenergy(vesicle,lm);
      stretchenergy(vesicle,lp);
   }

      return TS_FAIL;
        }