It works

Samo Penic

2013-11-30 bc4e1ee61725fdf7ec81a9583b7fa545f847e07b

 src/vertex.c

@@ -22,9 +22,11 @@
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
   vlist->vtx[i]->neigh=init_vertex_list(0);
       /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
       }
    vlist->n=N;
   vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
   return vlist;
}

@@ -32,7 +34,12 @@
ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){

#ifdef DEBUG
   if(vtx==NULL || vlist==NULL) return TS_FAIL;
   if(vtx==NULL)
   err("VTX is null");
   if(vlist==NULL) err("VLIST is null");

   if(vtx==NULL || vlist==NULL)
      return TS_FAIL;
#endif
   if(vlist->list_size < vlist->n+1){
      vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size+TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
@@ -41,6 +48,7 @@
      }
      vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
   }
//   printf("Test %u (max %u)!\n", vlist->n, vlist->list_size);
   vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
   vlist->n++;
   return TS_SUCCESS;
@@ -91,13 +99,28 @@
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS)
       retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
// Add neighbour just in one direction (add vtx2 as a neigh of vtx1 and not another way around!
ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
   ts_uint i;
   if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return TS_FAIL;
   for(i=0;i<vtx1->neigh->n;i++){
      if (vtx1->neigh->vtx[i]==vtx2){
         return TS_FAIL;
      }
   }
      vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
   retval=vtx_add_neighbour(vtx1, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS){
   //   fprintf(stderr,"Bond added\n");
      retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
      }
    return retval;
}

@@ -113,7 +136,10 @@


ts_bool vtx_free(ts_vertex  *vtx){
    if(vtx->neigh!=NULL)   free(vtx->neigh);
    if(vtx->neigh!=NULL)  {
      if (vtx->neigh->vtx!=NULL) free(vtx->neigh->vtx);
      free(vtx->neigh);
    }
    if(vtx->tristar!=NULL) free(vtx->tristar);
    if(vtx->bond!=NULL)    free(vtx->bond);
    free(vtx);
@@ -209,7 +235,7 @@

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->neigh=NULL;
    cvtx->neigh=init_vertex_list(0);
    cvtx->tristar_no=0;
    cvtx->bond_no=0;
    cvtx->tristar=NULL;