Some leaks still present in xml parsing library.

Samo Penic

2016-02-29 bb40336eb8a2acc9f2e3d2e9059b7d90afe5c0c4

 src/restore.c

@@ -8,10 +8,17 @@
#include <snapshot.h>
#include <zlib.h>
#include "vesicle.h"
#include "vertex.h"
#include "triangle.h"
#include "bond.h"
#include "energy.h"
#include "poly.h"
#include "initial_distribution.h"

ts_bool parseDump(char *dumpfname) {
   xmlDocPtr doc;
   xmlNodePtr cur;
   ts_vesicle *vesicle;
   xmlNodePtr cur, cur1,cur2;
   ts_vesicle *vesicle=NULL;

   doc = xmlParseFile(dumpfname);
   
@@ -34,19 +41,57 @@
      if ((!xmlStrcmp(cur->name, (const xmlChar *)"trisurf"))){
         vesicle=parseTrisurfTag(doc, cur);
      }
		 
      // START Point Position data &  Bonds
      if ((!xmlStrcmp(cur->name, (const xmlChar *)"UnstructuredGrid"))){
         cur1 = cur->xmlChildrenNode;
         while(cur1!=NULL){
            if ((!xmlStrcmp(cur1->name, (const xmlChar *)"Piece"))){
               cur2=cur1->xmlChildrenNode;
               while(cur2!=NULL){
                  if ((!xmlStrcmp(cur2->name, (const xmlChar *)"Points"))){
                     fprintf(stderr,"Found point data\n");
                     if(vesicle!=NULL)
                        parseXMLVertexPosition(vesicle, doc, cur2);
                  }
                  if ((!xmlStrcmp(cur2->name, (const xmlChar *)"Cells"))){
                  fprintf(stderr,"Found cell(Bonds) data\n");
                     if(vesicle!=NULL)
                        parseXMLBonds(vesicle, doc, cur2);
                  }
                  cur2=cur2->next;
               }	
            }
            cur1 = cur1->next;
         }
      }
      // END Point Position data & Bonds
   cur = cur->next;
   }
   
   xmlFreeDoc(doc);

   vesicle->poly_list=init_poly_list(0, 0, vesicle->vlist, vesicle);

   init_normal_vectors(vesicle->tlist);
   mean_curvature_and_energy(vesicle);

/* TODO: cells, polymeres, filaments, core, tape */

   fprintf(stderr,"Restoration completed\n");
   exit(0);
//   write_vertex_xml_file(vesicle,999);
   vesicle_free(vesicle);
   exit(0);
   return TS_SUCCESS;
}



/* this is a parser of additional data in xml */
ts_vesicle *parseTrisurfTag(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   fprintf(stderr,"Parsing trisurf tag\n");
   xmlNodePtr child;

#ifdef COMPRESS
   /* base64decode */
   size_t cLen;
   /*size_t tLen;
@@ -78,6 +123,7 @@
   fprintf(stderr,"%s\n",subtree);
   
   free(subtree);
#endif
   /*parse xml subtree */
   xmlChar *nvtx, *npoly, *nfono;
   nvtx = xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"nvtx");
@@ -89,5 +135,195 @@
   xmlFree(nvtx);
   xmlFree(npoly);
   xmlFree(nfono);

   child = cur->xmlChildrenNode;
   while (child != NULL) {
      if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"vtxn"))){
         parseTrisurfVtxn(vesicle->vlist, doc, child);
      }
      if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"tria"))){
         parseTrisurfTria(vesicle, doc, child);
      }
      if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"trianeigh"))){
         parseTrisurfTriaNeigh(vesicle, doc, child);
      }
       if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"tristar"))){
         parseTrisurfTristar(vesicle, doc, child);
      }

   child = child->next;
   }



   return vesicle;
}



/* Low level tags parsers */

ts_bool parseTrisurfVtxn(ts_vertex_list *vlist, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){

   xmlChar *chari;
   xmlChar *neighs;
   char *n;
   char *token;
   ts_uint neighi;
   ts_uint i;
   chari = xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"idx");
   i=atoi((char *)chari);
   xmlFree(chari);
   ts_vertex *vtx=vlist->vtx[i];
   neighs = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   //fprintf(stderr,"Found neigh for vtx %u that seems to have index %u with neighs=%s\n",i,vtx->idx,neighs);

   n=(char *)neighs;
   token=strtok(n," ");
   while(token!=NULL){
      neighi=atoi(token);
      //fprintf(stderr,"%u", neighi);
      vtx_add_neighbour(vtx,vlist->vtx[neighi]);
      token=strtok(NULL," ");
   }	
   xmlFree(neighs);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool parseTrisurfTria(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlChar *triangles;
   char *tria;
   char *vtx[3];
	
   ts_uint i,j;
   triangles = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   tria=(char *)triangles;
   vtx[0]=strtok(tria," ");
   for(i=1;i<3;i++)   vtx[i]=strtok(NULL," ");
   j=0;
   while(vtx[2]!=NULL){
      triangle_add(vesicle->tlist, vesicle->vlist->vtx[atoi(vtx[0])],vesicle->vlist->vtx[atoi(vtx[1])],vesicle->vlist->vtx[atoi(vtx[2])]);
      for(i=0;i<3;i++)   vtx[i]=strtok(NULL," ");
      j++;
   }	
   fprintf(stderr,"Parsing triangles %s j=%d\n",triangles,j);	

   xmlFree(triangles);
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool parseTrisurfTriaNeigh(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlChar *triangles;
   char *tria;
   char *ntria[3];
   ts_uint i,j;
   triangles = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   tria=(char *)triangles;
   ntria[0]=strtok(tria," ");
   for(i=1;i<3;i++)   ntria[i]=strtok(NULL," ");
   j=0;
   while(ntria[2]!=NULL){
      triangle_add_neighbour(vesicle->tlist->tria[j],vesicle->tlist->tria[atoi(ntria[0])]);
      triangle_add_neighbour(vesicle->tlist->tria[j],vesicle->tlist->tria[atoi(ntria[1])]);
      triangle_add_neighbour(vesicle->tlist->tria[j],vesicle->tlist->tria[atoi(ntria[2])]);
      j++;
      for(i=0;i<3;i++)   ntria[i]=strtok(NULL," ");
   }	
   fprintf(stderr,"Parsing triangle neighbors j=%d\n",j);	

   xmlFree(triangles);
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool parseTrisurfTristar(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){

   xmlChar *chari;
   xmlChar *tristar;
   char *t;
   char *token;
   ts_uint neighi;
   ts_uint i;
   chari = xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"idx");
   i=atoi((char *)chari);
   xmlFree(chari);
   ts_vertex *vtx=vesicle->vlist->vtx[i];
   tristar = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
//   fprintf(stderr,"Found tristar for vtx %u that seems to have index %u with tristar=%s\n",i,vtx->idx,tristar);

   t=(char *)tristar;
   token=strtok(t," ");
   while(token!=NULL){
      neighi=atoi(token);
      //fprintf(stderr,"%u", neighi);
      vertex_add_tristar(vtx,vesicle->tlist->tria[neighi]);
      token=strtok(NULL," ");
   }	
   xmlFree(tristar);
   return TS_SUCCESS;
}


/* this is a parser of vertex positions and bonds from main xml data */
ts_bool parseXMLVertexPosition(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlNodePtr child = cur->xmlChildrenNode;
   xmlChar *points;
   char *pts;
   int i, idx;
   char *token[3];
   while (child != NULL) {
      if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"DataArray"))){
         points = xmlNodeListGetString(doc, child->xmlChildrenNode, 1);
         pts=(char *)points;
         token[0]=strtok(pts," ");
         token[1]=strtok(NULL," ");
         token[2]=strtok(NULL,"\n");
         idx=0;
         while(token[0]!=NULL){
            vesicle->vlist->vtx[idx]->x=atof(token[0]);
            vesicle->vlist->vtx[idx]->y=atof(token[1]);
            vesicle->vlist->vtx[idx]->z=atof(token[2]);
            for(i=0;i<2;i++)   token[i]=strtok(NULL," ");	
            token[2]=strtok(NULL,"\n");
            idx++;
         }
         xmlFree(points);
      }
      child=child->next;
   }
   fprintf(stderr,"Vertices position j=%d\n",idx);	

   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool parseXMLBonds(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlNodePtr child = cur->xmlChildrenNode;
   xmlChar *bonds, *conname;
   char *b;
   int idx;
   char *token[2];
   while (child != NULL) {
      conname=xmlGetProp(child, (xmlChar *)"Name");
      if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"DataArray")) && !xmlStrcmp(conname, (const xmlChar *)"connectivity") ){
         bonds = xmlNodeListGetString(doc, child->xmlChildrenNode, 1);
         b=(char *)bonds;
         token[0]=strtok(b," ");
         token[1]=strtok(NULL,"\n");
         idx=0;
         while(token[0]!=NULL){
            bond_add(vesicle->blist, vesicle->vlist->vtx[atoi(token[0])], vesicle->vlist->vtx[atoi(token[1])]);
            token[0]=strtok(NULL," ");	
            token[1]=strtok(NULL,"\n");	
            idx++;
         }
         xmlFree(bonds);
      }
      xmlFree(conname);
      child=child->next;
   }
   fprintf(stderr,"Bond data j=%d\n",idx);	
   return TS_SUCCESS;
}