Changes in plates movement

Samo Penic

2018-10-11 b4e2e6dbd5049ae279f0f74838cd21b625148c72

 src/timestep.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include<math.h>
@@ -12,26 +13,88 @@
#include "sh.h"
#include "shcomplex.h"
#include "vesicle.h"
#include<gsl/gsl_complex.h>
#include<gsl/gsl_complex_math.h>
#include<string.h>
#include <sys/stat.h>


ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j,k;
   ts_double r0,kc1,kc2,kc3,kc4;
   ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_uint i, j,k,l,m;
   ts_double r0,kc1=0,kc2=0,kc3=0,kc4=0;
   ts_double l1,l2,l3,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   FILE *fd1;
//    char filename[255];
   FILE *fd=fopen("statistics.csv","w");
   ts_double max_z=0, min_z=0, cm_backup[3];
   FILE *fd1,*fd2=NULL,*fd3=NULL;
    char filename[10000];
   //struct stat st;
   strcpy(filename,command_line_args.path);
   strcat(filename,"statistics.csv");
   //int result = stat(filename, &st);
   FILE *fd;
   if(start_iteration==0)
      fd=fopen(filename,"w");
   else
      fd=fopen(filename,"a");
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");
   if(start_iteration==0)
      fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");

    if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
        strcpy(filename,command_line_args.path);
        strcat(filename,"ulm2.csv"); 
//   int result = stat(filename, &st);
   if(start_iteration==0)
      fd2=fopen(filename,"w");
   else
      fd2=fopen(filename,"a");
   if(fd2==NULL){
      fatal("Cannot open ulm2.csv file for writing",1);
   }
   if(start_iteration==0) //file does not exist
      fprintf(fd2, "Timestep u_00^2 u_10^2 u_11^2 u_20^2 ...\n");	
   }

/* RANDOM SEED SET BY CURRENT TIME */
   epochtime=get_epoch();			
   srand48(epochtime);
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   vesicle_volume(vesicle); //needed for constant volume at this moment
    vesicle_area(vesicle); //needed for constant area at this moment
   if(V0<0.000001) 
      V0=vesicle->volume; 
   ts_fprintf(stdout,"Setting volume V0=%.17f\n",V0);
   if(A0<0.000001)
      A0=vesicle->area;
   ts_fprintf(stdout,"Setting area A0=%.17f\n",A0);
   epsvol=4.0*sqrt(2.0*M_PI)/pow(3.0,3.0/4.0)*V0/pow(vesicle->tlist->n,3.0/2.0);
    epsarea=A0/(ts_double)vesicle->tlist->n;
   if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
            min_z=1e10;
            max_z=-1e10;
      for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
               if(vesicle->vlist->vtx[k]->z > max_z) max_z=vesicle->vlist->vtx[k]->z;
               if(vesicle->vlist->vtx[k]->z < min_z) min_z=vesicle->vlist->vtx[k]->z;
            }
            if(max_z-min_z<=vesicle->tape->plane_d) {
               vesicle->confinement_plane.z_max=max_z;
               vesicle->confinement_plane.z_min=max_z-vesicle->tape->plane_d;
            }  else {
               vesicle->confinement_plane.z_min=min_z;//-1e-5;
               vesicle->confinement_plane.z_max=max_z;//+1e-5;
            }
   }

  //  fprintf(stderr, "DVol=%1.16f (%1.16f), V0=%1.16f\n", epsvol,0.003e-2*V0,V0);
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=start_iteration;i<inititer+iterations;i++){
      vmsr=0.0;
      bfsr=0.0;


/*    vesicle_volume(vesicle);
    fprintf(stderr,"Volume before TS=%1.16e\n", vesicle->volume); */
      for(j=0;j<mcsweeps;j++){
@@ -44,17 +107,46 @@
    fprintf(stderr,"Volume after TS=%1.16e\n", vesicle->volume); */
      vmsr/=(ts_double)mcsweeps;
      bfsr/=(ts_double)mcsweeps;
      for (k=0;k<3;k++) cm_backup[k]=vesicle->cm[k];

      centermass(vesicle);
      cell_occupation(vesicle);
      ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);

      // plane confinement
      if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
         if(vesicle->confinement_plane.z_max-vesicle->confinement_plane.z_min<=vesicle->tape->plane_d){
            ts_fprintf(stdout,"Force is off\n");
         } else {
            ts_fprintf(stdout,"Force is on\n");
			
            min_z=1e10;
            max_z=-1e10;
            for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
               if(vesicle->vlist->vtx[k]->z > max_z) max_z=vesicle->vlist->vtx[k]->z;
               if(vesicle->vlist->vtx[k]->z < min_z) min_z=vesicle->vlist->vtx[k]->z;
            }
            if(max_z-min_z<=vesicle->tape->plane_d) {
               vesicle->confinement_plane.z_max+=(vesicle->cm[2]-cm_backup[2]);	
               vesicle->confinement_plane.z_min+=(vesicle->cm[2]-cm_backup[2]);
               //vesicle->confinement_plane.z_max=max_z;
               //vesicle->confinement_plane.z_min=max_z-vesicle->tape->plane_d;
            }  else {
               vesicle->confinement_plane.z_min=min_z;//-1e-5;
               vesicle->confinement_plane.z_max=max_z;//+1e-5;
            }
         }
         ts_fprintf(stdout,"Planes (zmin, zmax)=(%e,%e)\n",vesicle->confinement_plane.z_min,vesicle->confinement_plane.z_max);	
      }
      // end plane confinement

            dump_state(vesicle,i);
      if(i>=inititer){
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
         write_master_xml_file("test.pvd");
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer,NULL);
         write_master_xml_file(command_line_args.output_fullfilename);
         epochtime=get_epoch();         
         gyration_eigen(vesicle, &l1, &l2, &l3);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. Area is not added to ts_vesicle yet!
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume); //that's why I must recalculate area (and volume for no particular reason).
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. 
            vesicle_area(vesicle); //calculates area.
         r0=getR0(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
@@ -66,8 +158,9 @@
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
                kc4=calculateKc(vesicle, 3,6);
            
            fd1=fopen("state.dat","w");
                strcpy(filename,command_line_args.path);
                strcat(filename,"state.dat");  
            fd1=fopen(filename,"w");
            fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
            for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
               fprintf(fd1,"%e %e %e %e %e\n",
@@ -79,15 +172,35 @@
               );
            }
            fclose(fd1);
		
         fprintf(fd2,"%u ", i);
         for(l=0;l<vesicle->sphHarmonics->l;l++){
            for(m=l;m<2*l+1;m++){
               fprintf(fd2,"%e ", gsl_complex_abs2(vesicle->sphHarmonics->ulmComplex[l][m]) );
            }
         }
            fprintf(fd2,"\n");
	
             fflush(fd2);	

            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,vesicle->volume, vesicle->area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);

          fflush(fd);   
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);
      } //end if(inititer....)
      fd3=fopen(".status","w"); //write status file when everything is written to disk.
      if(fd3==NULL){
         fatal("Cannot open .status file for writing",1);
      }
      fprintf(fd3,"%d",i);
      fclose(fd3);
      ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
   }
   fclose(fd);
   if(fd2!=NULL) fclose(fd2);
   return TS_SUCCESS;
}