Added option to include trisurf runtime arguments in the main configuration...

Samo Penic

2016-04-07 b122c46c95b96febda4ebf3c8ddfa79998d599f9

 src/timestep.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include<math.h>
@@ -14,23 +15,27 @@
#include "vesicle.h"
#include<gsl/gsl_complex.h>
#include<gsl/gsl_complex_math.h>

#include<string.h>

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j,k,l,m;
   ts_double r0,kc1,kc2,kc3,kc4;
   ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_double r0,kc1=0,kc2=0,kc3=0,kc4=0;
   ts_double l1,l2,l3,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   FILE *fd1,*fd2=NULL;
//    char filename[255];
   FILE *fd=fopen("statistics.csv","w");
    char filename[10000];
    strcpy(filename,command_line_args.path);
    strcat(filename,"statistics.csv");
   FILE *fd=fopen(filename,"w");
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");

    if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
      fd2=fopen("ulm2.csv","w");
        strcpy(filename,command_line_args.path);
        strcat(filename,"ulm2.csv"); 
      fd2=fopen(filename,"w");
      if(fd2==NULL){
         fatal("Cannot open ulm2.csv file for writing",1);
      }
@@ -45,8 +50,12 @@
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   vesicle_volume(vesicle); //needed for constant volume at this moment
    vesicle_area(vesicle); //needed for constant area at this moment
   V0=vesicle->volume; 
   epsvol=V0*0.003e-2; //TODO! Follow Miha's derivation for exact formula;
    A0=vesicle->area;
   epsvol=4.0*sqrt(2.0*M_PI)/pow(3.0,3.0/4.0)*V0/pow(vesicle->tlist->n,3.0/2.0);
    epsarea=A0/(ts_double)vesicle->tlist->n;
  //  fprintf(stderr, "DVol=%1.16f (%1.16f), V0=%1.16f\n", epsvol,0.003e-2*V0,V0);
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=start_iteration;i<inititer+iterations;i++){
      vmsr=0.0;
@@ -69,11 +78,11 @@
            dump_state(vesicle,i);
      if(i>=inititer){
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
         write_master_xml_file("test.pvd");
         write_master_xml_file(command_line_args.output_fullfilename);
         epochtime=get_epoch();         
         gyration_eigen(vesicle, &l1, &l2, &l3);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. Area is not added to ts_vesicle yet!
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume); //that's why I must recalculate area (and volume for no particular reason).
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. 
            vesicle_area(vesicle); //calculates area.
         r0=getR0(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
@@ -85,8 +94,9 @@
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
                kc4=calculateKc(vesicle, 3,6);
            
            fd1=fopen("state.dat","w");
                strcpy(filename,command_line_args.path);
                strcat(filename,"state.dat");  
            fd1=fopen(filename,"w");
            fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
            for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
               fprintf(fd1,"%e %e %e %e %e\n",
@@ -111,7 +121,7 @@

            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,vesicle->volume, vesicle->area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);

          fflush(fd);   
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);