Added additional functions to ease Ulm2 poststating

Samo Penic

2019-08-14 aede7e0121a037fd7226a8bfd558eb21a932fa5a

 src/snapshot.c

@@ -1,3 +1,5 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
@@ -22,7 +24,7 @@
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

   ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
   data->string=(char *)malloc(512000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
   data->string=(char *)malloc(5120000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
   data->beg=0;
   
   xml_trisurf_header(fh, vesicle);
@@ -30,6 +32,8 @@
   xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);   
   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
   xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
   xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);
#ifdef COMPRESSION
   char *compressed;
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
@@ -55,7 +59,7 @@
   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);

   fprintf(fh, "<tape>\n");
   fprintf(fh, "<tape>");
      fprintf(fh,"%s",tapetxt);   
   fprintf(fh, "</tape>\n");
   if(vesicle->poly_list!=NULL){
@@ -69,7 +73,7 @@
      npoly=0;
      nfono=0;
   }
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -122,7 +126,18 @@
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
   if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
      ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
   }
   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){
   ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);
   ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);

   return TS_SUCCESS;
}


/* UTILITIES */
@@ -169,10 +184,7 @@
static int mod_table[] = {0, 2, 1};


char *base64_encode(const unsigned char *data,
                    size_t input_length,
                    size_t *output_length) {

char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   *output_length = 4 * ((input_length + 2) / 3);
   int i,j;
   char *encoded_data = malloc(*output_length);
@@ -180,29 +192,25 @@
   
   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {

           uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
          uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
          uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

           uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
   }

   for (i = 0; i < mod_table[input_length % 3]; i++)
           encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';
          encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';

   return encoded_data;
}


unsigned char *base64_decode(const char *data,
                             size_t input_length,
                             size_t *output_length) {

unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   int i,j;
   if (decoding_table == NULL) build_decoding_table();

@@ -216,20 +224,19 @@
   if (decoded_data == NULL) return NULL;

   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {
          uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
         uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

           uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
             uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

           uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
          uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
           + (sextet_b << 2 * 6)
           + (sextet_c << 1 * 6)
           + (sextet_d << 0 * 6);

           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }
   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
@@ -241,7 +248,7 @@
    decoding_table = malloc(256);
   int i;
    for (i = 0; i < 64; i++)
        decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
      decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
}