Added additional functions to ease Ulm2 poststating

Samo Penic

2019-08-14 aede7e0121a037fd7226a8bfd558eb21a932fa5a

 src/frame.c

@@ -9,6 +9,7 @@
ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
   ts_double temp_z_cm=0;
    vesicle->cm[0]=0;
    vesicle->cm[1]=0;
    vesicle->cm[2]=0;
@@ -20,6 +21,12 @@
    vesicle->cm[0]/=(ts_float)n;
    vesicle->cm[1]/=(ts_float)n;
    vesicle->cm[2]/=(ts_float)n;

   //center mass for z component does not  change if we confine the vesicle with plates
   if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
      temp_z_cm=vesicle->cm[2];
      vesicle->cm[2]=0;
   }

    for(i=0;i<n;i++){
        vtx[i]->x-=vesicle->cm[0];
@@ -49,7 +56,9 @@

    vesicle->cm[0]=0.0;
    vesicle->cm[1]=0.0;
    vesicle->cm[2]=0.0;
   if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
      vesicle->cm[2]=temp_z_cm;
   }

    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        triangle_normal_vector(vesicle->tlist->tria[i]);
@@ -72,20 +81,23 @@
    }

//Add all polymers to cells
if(vesicle->poly_list!=NULL){
    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
}
//Add all filaments to cells
if(vesicle->filament_list!=NULL){
     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
   
}   

    return TS_SUCCESS;
}